DNAstack développe Omics AI, une plateforme SaaS conforme aux normes qui permet de découvrir, partager et analyser des données génomiques et de santé au sein de réseaux de recherche distribués. Son approche fédérée permet aux dépositaires de données de rendre des jeux de données sensibles accessibles à des analyses fondées sur l’IA sans les transférer vers un référentiel central, tout en respectant la confidentialité, la sécurité et les normes GA4GH. La plateforme est utilisée dans des collaborations couvrant la surveillance des pandémies, les neurosciences, les maladies rares et l’oncologie. DNAstack est une entreprise de logiciels fondée en 2014, qui compte une équipe de 11 à 50 personnes.
Spécialiste de la réussite client en bio-informatique
Accompagne les clients utilisant la plateforme de partage de données de médecine de précision de DNAstack, de l’exploitation des pipelines génomiques et des contrôles qualité à l’intégration et au dépannage technique.
Description
- Est le principal interlocuteur technique pour les tickets des clients, les questions des partenaires et les demandes de livraison de données.
- Enquête sur les échecs d’exécution des pipelines secondaires et tertiaires, les défauts d’annotation ou de tri et les problèmes d’accès au cloud, puis les résout.
- Recherche les causes profondes des variants manquants, des écarts entre échantillons témoins et des retards d’exécution, puis explique les résultats aux clients.
- Transforme les problèmes récurrents en contenu pour la base de connaissances, en procédures opérationnelles et en FAQ.
- Surveille les flux de production et les déploiements de jeux de données sur Google Cloud Platform et AWS.
- Met en place et réalise des contrôles qualité en entrée et en sortie portant sur l’identité des échantillons, la couverture et les métriques au niveau des variants.
- Valide les versions des pipelines et de la plateforme à l’aide de tests de régression et de ressources de référence comme GIAB.
- Prévoit et suit les coûts de calcul des flux de travail chez différents fournisseurs cloud.
- Consigne les incidents et suit les correctifs d’ingénierie jusqu’à leur résolution.
- Met à jour les dépendances des pipelines et revalide le flux de travail complet.
- Prépare l’intégration des clients en vérifiant les fichiers de capture ciblée, les feuilles de métadonnées et les identifiants des échantillons.
- Soumet, surveille et confirme les analyses d’échantillons et les réanalyses dans les comptes clients.
- Réindexe, recharge et vérifie les nœuds de jeux de données dans les différents environnements de déploiement.
- Produit des extractions de données personnalisées, comme des segments BAM, des fichiers VCF au niveau des collections et des fichiers TSV ciblés.
- Prépare et contrôle la qualité des résultats sur les variants structuraux, les répétitions courtes en tandem et la méthylation destinés aux partenaires.
- Travaille avec le développement commercial sur les jeux de données de démonstration, les preuves de concept et les estimations des coûts de calcul.
- Transmet les retours structurés des clients aux équipes produit et ingénierie afin d’éclairer la feuille de route.
- Compare les outils d’appel de variants et les paramètres des pipelines par des évaluations de performance.
- Collabore avec le bio-informaticien principal sur des fonctionnalités exploratoires et participe au club de lecture interne de bio-informatique.
Exigences
- Master en biologie computationnelle, bio-informatique, biostatistique, informatique ou expérience équivalente.
- 1 à 3 ans d’expérience professionnelle dans l’industrie des biotechnologies, du diagnostic ou de la bio-informatique clinique, de préférence auprès de clients ou de partenaires.
- Excellentes aptitudes à la communication écrite et orale, notamment pour expliquer des sujets techniques complexes à des publics sans formation en informatique.
- Méthode systématique de dépannage et d’analyse des causes profondes.
- Expérience pratique de l’exécution et du débogage de pipelines de traitement de données NGS et omiques.
- Bonne connaissance pratique des formats FASTQ, BAM/CRAM, VCF et BED ainsi que des outils d’analyse.
- Maîtrise de Python, R ou Java, ainsi que de solides compétences en scripts shell et en ligne de commande.
- Grand souci du détail et sens des responsabilités quant à la qualité des données.
- Formation en biologie ou en génétique, avec de solides compétences en pensée critique et en recherche.
- Autorisation de travailler au Canada.
- Atout : expérience des langages de flux de travail tels que WDL, CWL, Nextflow ou Snakemake, et des conteneurs tels que Docker ou Singularity.
- Atout : expérience avec GCP, AWS, Azure ou des environnements HPC, y compris les outils de surveillance et de journalisation.
- Atout : expérience des tests automatisés ou de l’intégration et du déploiement continus (CI/CD) pour les pipelines de bio-informatique.
- Atout : expérience des systèmes qualité ou des environnements réglementés comme CAP/CLIA ou ISO 13485.
- Atout : connaissance des plateformes de gestion des tickets ou de réussite client telles que Jira Service Management, Zendesk ou Intercom.
- Atout : expérience du séquençage à longues lectures, notamment de l’analyse des variants structuraux, des STR et de la méthylation.
- Atout : compétences en analyse statistique et en visualisation de données.
- Atout : expérience en génomique de laboratoire.
- Atout : connaissance des outils d’IA modernes comme Claude Code.
Avantages
- Horaires flexibles et travail compatible avec le télétravail, avec la possibilité de travailler au bureau de Toronto.
- Couverture médicale, dentaire et optique pour les employés et leurs personnes à charge.
- Trois semaines de congés.
- Congés maladie illimités.
- Programmes de complément de rémunération pour les congés de maternité et parentaux.
- Allocation unique pour aménager un bureau à domicile.
- Soutien au développement professionnel et à la formation.
- Admissibilité au Programme d’options d’achat d’actions des employés.
- Possibilité de contribuer à la science ouverte et à des initiatives mondiales de partage des données.