DNAstack vyvíja Omics AI, platformu SaaS v súlade so štandardmi na vyhľadávanie, zdieľanie a analýzu genomických a zdravotných údajov v distribuovaných výskumných sieťach. Jej federovaný prístup umožňuje správcom údajov sprístupniť citlivé súbory údajov na analýzu pomocou umelej inteligencie bez ich presunu do centrálneho úložiska, pričom podporuje ochranu súkromia, bezpečnosť a štandardy GA4GH. Platforma sa využíva v spoluprácach zameraných na dohľad nad pandémiami, neurovedu, zriedkavé ochorenia a onkológiu. DNAstack je softvérová spoločnosť založená v roku 2014, ktorá má tím s 11 až 50 zamestnancami.
Špecialista zákazníckej podpory v bioinformatike
Podpora zákazníkov pri používaní platformy DNAstack na zdieľanie údajov pre precíznu medicínu, od prevádzky genomických procesov a kontroly kvality až po zaškolenie a technické riešenie problémov.
Popis
- Pôsobte ako hlavný technický kontakt pre zákaznícke požiadavky, otázky partnerov a žiadosti o doručenie údajov.
- Skúmajte a riešte neúspešné sekundárne a terciárne spracovanie, chyby anotácie alebo triedenia a problémy s prístupom ku cloudu.
- Pátrajte po príčinách chýbajúcich variantov, nezrovnalostí v kontrolných vzorkách a oneskorení spracovania a vysvetľujte zistenia zákazníkom.
- Premieňajte opakujúce sa problémy na obsah znalostnej databázy, pracovné postupy a často kladené otázky.
- Monitorujte produkčné procesy a nasadzovanie súborov údajov na Google Cloud Platform a AWS.
- Nastavujte a vykonávajte kontroly kvality vstupov a výstupov vrátane identity vzoriek, pokrytia a metrík na úrovni variantov.
- Overujte vydania procesov a platformy regresnými testami a referenčnými zdrojmi, ako je GIAB.
- Prognózujte a sledujte náklady na výpočtové zdroje procesov u poskytovateľov cloudu.
- Evidujte incidenty a sledujte opravy od technického tímu až po ich vyriešenie.
- Aktualizujte závislosti procesov a opätovne overujte celý pracovný postup.
- Pripravujte zaškolenie zákazníkov kontrolou súborov cieľového zachytenia, tabuliek metadát a identifikátorov vzoriek.
- Odosielajte, monitorujte a potvrdzujte spracovanie vzoriek a opakované analýzy v zákazníckych účtoch.
- Znova indexujte, načítavajte a overujte uzly súborov údajov v rôznych prostrediach nasadenia.
- Pripravujte prispôsobené výbery údajov, napríklad výrezy BAM, súbory VCF na úrovni kolekcií a cielené súbory TSV.
- Pripravujte a kontrolujte kvalitu výsledkov analýzy štrukturálnych variantov, krátkych tandemových repetícií a metylácie pred doručením partnerom.
- Spolupracujte s tímom rozvoja obchodu na demonštračných súboroch údajov, dôkazoch uskutočniteľnosti a odhadoch výpočtových nákladov.
- Zdieľajte usporiadanú spätnú väzbu zákazníkov s produktovými a technickými tímami na podporu tvorby produktového plánu.
- Porovnávajte nástroje na detekciu variantov a nastavenia procesov pomocou benchmarkingu.
- Spolupracujte so seniorným bioinformatikom na experimentálnych funkciách a zúčastňujte sa interného bioinformatického čitateľského krúžku.
Požiadavky
- Magisterské vzdelanie v oblasti výpočtovej biológie, bioinformatiky, biostatistiky, informatiky alebo ekvivalentné skúsenosti.
- 1 až 3 roky odbornej praxe v biotechnologickej, diagnostickej alebo klinickej bioinformatike, ideálne v práci so zákazníkmi alebo partnermi.
- Výborné písomné a ústne komunikačné schopnosti vrátane schopnosti vysvetľovať zložité technické témy ľuďom bez výpočtového zamerania.
- Systematický prístup k riešeniu problémov a analýze ich základných príčin.
- Praktické skúsenosti so spúšťaním a ladením procesov spracovania údajov NGS a omických údajov.
- Pracovná znalosť formátov FASTQ, BAM/CRAM, VCF a BED a analytických nástrojov.
- Pokročilá znalosť Pythonu, R alebo Javy, ako aj skriptovania v shelli a práce s príkazovým riadkom.
- Dôslednosť a zodpovednosť za kvalitu údajov.
- Vzdelanie alebo zázemie v biológii či genetike a výborné schopnosti kritického myslenia a výskumu.
- Oprávnenie pracovať v Kanade.
- Výhodou sú skúsenosti s jazykmi na opis pracovných postupov, ako sú WDL, CWL, Nextflow alebo Snakemake, a s kontajnermi, ako sú Docker alebo Singularity.
- Výhodou sú skúsenosti s prostrediami GCP, AWS, Azure alebo HPC vrátane nástrojov na monitorovanie a zaznamenávanie udalostí.
- Výhodou sú skúsenosti s automatizovaným testovaním alebo CI/CD pre bioinformatické procesy.
- Výhodou sú skúsenosti so systémami kvality alebo regulovaným prostredím, napríklad CAP/CLIA alebo ISO 13485.
- Výhodou je znalosť systémov na správu požiadaviek alebo platforiem zákazníckej podpory, ako sú Jira Service Management, Zendesk alebo Intercom.
- Výhodou sú skúsenosti so sekvenovaním dlhých čítaní vrátane analýzy štrukturálnych variantov, STR a metylácie.
- Výhodou sú zručnosti v štatistickej analýze a vizualizácii údajov.
- Výhodou sú praktické skúsenosti s genomikou v laboratóriu.
- Výhodou je znalosť moderných nástrojov umelej inteligencie, ako je Claude Code.
Benefity
- Flexibilný pracovný čas a možnosť práce na diaľku s možnosťou pracovať v torontskej kancelárii.
- Zdravotné, zubné a očné poistenie pre zamestnancov a ich rodinných príslušníkov.
- Tri týždne dovolenky.
- Neobmedzené platené voľno pri chorobe.
- Príspevky počas materskej a rodičovskej dovolenky.
- Jednorazový príspevok na zariadenie domácej kancelárie.
- Podpora kariérneho rozvoja a vzdelávania.
- Možnosť zapojiť sa do programu zamestnaneckých opcií na akcie.
- Príležitosť prispieť k otvorenej vede a globálnym iniciatívam na zdieľanie údajov.