DNAstack razvija Omics AI, SaaS platformu usklađenu sa standardima za otkrivanje, dijeljenje i analizu genomskih i zdravstvenih podataka u distribuiranim istraživačkim mrežama. Njezin federirani pristup omogućuje skrbnicima podataka da osjetljive skupove podataka stave na raspolaganje za analizu uz pomoć umjetne inteligencije, bez njihova premještanja u središnje spremište, uz podršku za privatnost, sigurnost i standarde GA4GH. Platforma se koristi u suradnjama koje obuhvaćaju nadzor pandemija, neuroznanost, rijetke bolesti i onkologiju. DNAstack je softverska tvrtka osnovana 2014. godine, s timom od 11 do 50 zaposlenika.
Specijalist korisničke podrške za bioinformatiku
Podrška korisnicima platforme DNAstack za razmjenu podataka u preciznoj medicini, od rada genomskih procesa i provjera kvalitete do uvođenja korisnika i tehničkog rješavanja problema.
Kanada70.000 $ – 95.000 $ / godina
UdaljenoPuno radno vrijemeJuniorObavezan Jezik: engleskiMenadžer uspjeha klijenataUspjeh klijenataOpis
- Budite glavna tehnička kontaktna osoba za korisničke zahtjeve, pitanja partnera i zahtjeve za isporuku podataka.
- Istražujte i rješavajte neuspjela sekundarna i tercijarna pokretanja procesa, nedostatke u anotaciji ili sortiranju te probleme s pristupom oblaku.
- Pratite uzroke nedostajućih varijanti, odstupanja kontrolnih uzoraka i kašnjenja u izvođenju te objašnjavajte nalaze korisnicima.
- Ponavljajuće probleme pretvarajte u sadržaj baze znanja, operativne priručnike i često postavljana pitanja.
- Pratite produkcijske tijekove rada i implementacije skupova podataka na platformama Google Cloud Platform i AWS.
- Postavljajte i provodite provjere kvalitete ulaznih i izlaznih podataka, uključujući identitet uzorka, pokrivenost i metrike na razini varijanti.
- Provjeravajte izdanja procesa i platforme regresijskim testovima i referentnim izvorima kao što je GIAB.
- Predviđajte i pratite troškove računalnih resursa tijekova rada kod pružatelja usluga u oblaku.
- Evidentirajte incidente i pratite inženjerske popravke do njihova rješavanja.
- Ažurirajte ovisnosti procesa i ponovno provjeravajte cijeli tijek rada.
- Pripremajte uvođenje korisnika provjerom datoteka ciljnog hvatanja, tablica metapodataka i identifikatora uzoraka.
- Podnosite, pratite i potvrđujte pokretanja uzoraka i ponovne analize na korisničkim računima.
- Ponovno indeksirajte, učitavajte i provjeravajte čvorove skupova podataka u različitim okruženjima implementacije.
- Izrađujte prilagođene izvatke podataka, poput BAM isječaka, VCF datoteka na razini zbirke i ciljanih TSV datoteka.
- Pripremajte i provjeravajte kvalitetu rezultata za strukturne varijante, kratka tandemna ponavljanja i metilaciju prije isporuke partnerima.
- Surađujte s odjelom za poslovni razvoj na demonstracijskim skupovima podataka, dokazima koncepta i procjenama troškova računalnih resursa.
- Sustavno prenosite povratne informacije korisnika timovima za proizvod i inženjering kako biste pridonijeli planu razvoja.
- Uspoređujte alate za pozivanje varijanti i postavke procesa pomoću referentnih testova.
- Surađujte s glavnim bioinformatičarom na istraživačkim značajkama i sudjelujte u internom bioinformatičkom čitateljskom klubu.
Zahtjevi
- Magisterij iz računalne biologije, bioinformatike, biostatistike, računarstva ili ekvivalentno iskustvo.
- 1–3 godine profesionalnog iskustva u industrijskoj biotehnologiji, dijagnostici ili kliničkoj bioinformatici, po mogućnosti u radu s korisnicima ili partnerima.
- Izvrsne pisane i usmene komunikacijske vještine, uključujući sposobnost objašnjavanja složenih tehničkih tema osobama bez računalnog predznanja.
- Sustavan pristup rješavanju problema i analizi temeljnih uzroka.
- Praktično iskustvo u pokretanju i otklanjanju pogrešaka u NGS procesima i procesima obrade omičkih podataka.
- Radno poznavanje formata FASTQ, BAM/CRAM, VCF i BED te analitičkih alata.
- Napredno znanje Pythona, R-a ili Jave te izvrsne vještine skriptiranja u shellu i rada u naredbenom retku.
- Pedantnost i odgovornost za kvalitetu podataka.
- Obrazovanje ili iskustvo iz biologije ili genetike te razvijeno kritičko mišljenje i istraživačke vještine.
- Odobrenje za rad u Kanadi.
- Prednost je iskustvo s jezicima za opis tijekova rada kao što su WDL, CWL, Nextflow ili Snakemake te s kontejnerima kao što su Docker ili Singularity.
- Prednost je iskustvo s okruženjima GCP, AWS, Azure ili HPC, uključujući alate za praćenje i zapisivanje događaja.
- Prednost je iskustvo s automatiziranim testiranjem ili CI/CD-om za bioinformatičke procese.
- Prednost je iskustvo sa sustavima kvalitete ili reguliranim okruženjima kao što su CAP/CLIA ili ISO 13485.
- Prednost je poznavanje sustava za upravljanje zahtjevima ili platformi za korisničku podršku kao što su Jira Service Management, Zendesk ili Intercom.
- Prednost je iskustvo sa sekvenciranjem dugih očitanja, uključujući analizu strukturnih varijanti, STR-ova i metilacije.
- Prednost su vještine statističke analize i vizualizacije podataka.
- Prednost je iskustvo s genomikom u mokrom laboratoriju.
- Prednost je poznavanje suvremenih alata umjetne inteligencije kao što je Claude Code.
Pogodnosti
- Fleksibilno radno vrijeme i mogućnost rada na daljinu, uz mogućnost rada u uredu u Torontu.
- Zdravstveno, stomatološko i očnička pokrića za zaposlenike i njihove uzdržavane članove obitelji.
- Tri tjedna godišnjeg odmora.
- Neograničeni dopust zbog bolesti.
- Dodatne naknade za rodiljni i roditeljski dopust.
- Jednokratna naknada za opremanje kućnog ureda.
- Podrška za razvoj karijere i učenje.
- Mogućnost sudjelovanja u programu dioničkih opcija za zaposlenike.
- Prilika za doprinos otvorenoj znanosti i globalnim inicijativama za razmjenu podataka.