DNAstack arendab Omics AI-d, standarditele vastavat SaaS-platvormi genoomi- ja terviseandmete leidmiseks, jagamiseks ning analüüsimiseks hajutatud teadusvõrgustikes. Selle födereeritud lähenemine võimaldab andmevaldajatel teha tundlikud andmestikud kättesaadavaks tehisintellektil põhinevaks analüüsiks, ilma et neid koondataks kesksesse hoidlasse. Platvorm toetab privaatsust, turvalisust ja GA4GH standardeid. Seda kasutatakse koostööprojektides, mis käsitlevad pandeemiate seiret, neuroteadusi, harvikhaigusi ja onkoloogiat. DNAstack on 2014. aastal asutatud tarkvaraettevõte, kus töötab 11–50 inimest.
Bioinformaatika kliendiedu spetsialist
Toetan kliente DNAstacki täppismeditsiini andmejagamisplatvormi kasutamisel, alates genoomsete töövoogude käitamisest ja kvaliteedikontrollist kuni juurutamise ja tehniliste probleemide lahendamiseni. Aitan uurida tõrkeid, hallata andmestikke ning selgitada lahendusi klientidele ja partneritele.
Kanada70 000 $ – 95 000 $ / aasta
KaugtööTäistööaegJuuniorNõutav Keel: ingliseKliendi edujuhtKliendieduKirjeldus
- Olen peamine tehniline kontakt klientide tugipäringute, partnerite küsimuste ja andmete edastamise taotluste korral.
- Uurin ja lahendan sekundaarsete ja tertsiaarsete töövoogude ebaõnnestunud käivitusi, annotatsiooni- või sortimisvigu ning pilvejuurdepääsu probleeme.
- Leian puuduvate variantide, kontrollproovide lahknevuste ja käitusviivituste algpõhjused ning selgitan tulemusi klientidele.
- Koostan korduvate probleemide põhjal teadmistebaasi sisu, tegevusjuhendeid ja korduma kippuvate küsimuste vastuseid.
- Jälgin tootmistöövooge ja andmestike juurutamist Google Cloud Platformis ja AWS-is.
- Seadistan ja teen sisend- ning väljundandmete kvaliteedikontrolle, mis hõlmavad proovi identiteeti, katvust ja varianditaseme mõõdikuid.
- Valideerin töövoogude ja platvormi väljalaskeid regressioonitestide ning GIAB-i taoliste võrdlusressurssidega.
- Prognoosin ja jälgin töövoogude arvutuskulusid eri pilveteenuse pakkujate lõikes.
- Dokumenteerin intsidendid ja jälgin tehniliste tiimide parandusi kuni lahenduseni.
- Uuendan töövoogude sõltuvusi ja valideerin kogu töövoo uuesti.
- Valmistan ette klientide kasutuselevõttu, kontrollides sihtpüügifaile, metaandmetabeleid ja proovitunnuseid.
- Käivitan, jälgin ja kinnitan proovide analüüse ning kordusanalüüse kliendikontodel.
- Indekseerin andmestikusõlmed uuesti, laadin need uuesti ja kontrollin neid eri juurutuskeskkondades.
- Koostan vajaduspõhiseid andmeväljavõtteid, näiteks BAM-i lõike, kollektsioonipõhiseid VCF-faile ja sihitud TSV-faile.
- Valmistan partneritele edastamiseks ette struktuursete variantide, lühikeste tandemkorduste ja metülatsiooni tulemused ning kontrollin nende kvaliteeti.
- Teen äriarendusega koostööd näidisandmestike, kontseptsiooni tõestuste ja arvutuskulude hinnangute koostamisel.
- Edastan korrastatud klientide tagasiside toote- ja tehnilistele tiimidele teekaardi kujundamiseks.
- Võrdlen variantide leidmise tööriistu ja töövoogude seadeid jõudlustestide abil.
- Teen juhtiva bioinformaatikuga koostööd katsefunktsioonide arendamisel ja osalen ettevõtte bioinformaatika lugemisklubis.
Nõuded
- Magistrikraad arvutusbioloogias, bioinformaatikas, biostatistikas või arvutiteaduses või samaväärne kogemus.
- 1–3 aastat töökogemust biotehnoloogia, diagnostika või kliinilise bioinformaatika valdkonnas, eelistatult klientide või partneritega töötades.
- Suurepärane kirjalik ja suuline suhtlusoskus, sealhulgas oskus selgitada keerukaid tehnilisi teemasid inimestele, kes ei tööta arvutusvaldkonnas.
- Süstemaatiline lähenemine tõrkeotsingule ja algpõhjuste analüüsile.
- Praktiline kogemus NGS-i ja oomika andmetöötluse töövoogude käitamise ja silumisega.
- FASTQ-, BAM/CRAM-, VCF- ja BED-vormingute ning analüüsitööriistade tundmine.
- Pythoni, R-i või Java valdamine ning tugevad shell-skriptimise ja käsurea oskused.
- Tähelepanelikkus detailide suhtes ja vastutustunne andmekvaliteedi eest.
- Bioloogia või geneetika taust ning tugev kriitilise mõtlemise ja uurimistöö oskus.
- Õigus töötada Kanadas.
- Eeliseks on töövoogude keelte, näiteks WDL-i, CWL-i, Nextflow’ või Snakemake’i ning konteinerite, näiteks Docker’i või Singularity, kasutamise kogemus.
- Eeliseks on kogemus GCP, AWS-i, Azure’i või HPC keskkondade ning seire- ja logimistööriistadega.
- Eeliseks on bioinformaatika töövoogude automatiseeritud testimise või CI/CD kogemus.
- Eeliseks on kogemus kvaliteedisüsteemide või reguleeritud keskkondadega, näiteks CAP/CLIA või ISO 13485.
- Eeliseks on piletisüsteemide või kliendiedu platvormide, näiteks Jira Service Managementi, Zendeski või Intercomi tundmine.
- Eeliseks on pika lugemiga sekveneerimise kogemus, sh struktuursete variantide, STR-ide ja metülatsiooni analüüs.
- Eeliseks on statistilise analüüsi ja andmete visualiseerimise oskus.
- Eeliseks on genoomika märglabori kogemus.
- Eeliseks on tänapäevaste tehisintellekti tööriistade, näiteks Claude Code’i tundmine.
Hüved
- Paindlik töökorraldus ja kaugtöö võimalus ning võimalus töötada Toronto kontoris.
- Töötajate ja nende ülalpeetavate tervise-, hambaravi- ja nägemishüvitised.
- Kolm nädalat puhkust.
- Piiramatu haiguspuhkus.
- Sünnitus- ja vanemapuhkuse lisahüvitised.
- Ühekordne toetus kodukontori sisseseadmiseks.
- Karjääri- ja õpitoetus.
- Võimalus osaleda töötajate aktsiaoptsioonide programmis.
- Võimalus panustada avatud teadusse ja üleilmsetesse andmejagamise algatustesse.