DNAstack розробляє Omics AI — SaaS-платформу, що відповідає стандартам і призначена для пошуку, обміну та аналізу геномних даних і даних про здоров’я в розподілених дослідницьких мережах. Федеративний підхід дає змогу розпорядникам даних надавати конфіденційні набори для аналізу за допомогою ШІ, не переносячи їх до централізованого сховища, водночас підтримуючи конфіденційність, безпеку та стандарти GA4GH. Платформу використовують у спільних проєктах у сферах епіднагляду за пандеміями, нейронаук, рідкісних захворювань та онкології. DNAstack — компанія з розробки програмного забезпечення, заснована у 2014 році; її команда налічує 11–50 працівників.
Фахівець із роботи з клієнтами в біоінформатиці
Допомагайте клієнтам працювати з платформою DNAstack для обміну даними в прецизійній медицині: від керування геномними конвеєрами та перевірок якості до адаптації й технічної підтримки.
Опис
- Будьте основною контактною особою з технічних питань щодо звернень клієнтів, запитань партнерів і запитів на передавання даних.
- З’ясовуйте причини збоїв вторинних і третинних запусків конвеєрів, помилок анотації чи сортування та проблем із хмарним доступом і усувайте їх.
- Виявляйте першопричини відсутніх варіантів, розбіжностей у контрольних зразках і затримок виконання, а потім пояснюйте результати клієнтам.
- Перетворюйте повторювані проблеми на матеріали бази знань, інструкції з експлуатації та відповіді на поширені запитання.
- Контролюйте робочі процеси у виробничому середовищі та розгортання наборів даних у Google Cloud Platform і AWS.
- Налаштовуйте та виконуйте перевірки якості вхідних і вихідних даних, зокрема ідентичності зразків, покриття та метрик на рівні варіантів.
- Перевіряйте випуски конвеєрів і платформи за допомогою регресійних тестів та еталонних ресурсів, таких як GIAB.
- Прогнозуйте й відстежуйте обчислювальні витрати робочих процесів у різних хмарних провайдерів.
- Реєструйте інциденти та супроводжуйте інженерні виправлення до завершення.
- Оновлюйте залежності конвеєрів і повторно перевіряйте весь робочий процес.
- Готуйте клієнтів до початку роботи, перевіряючи файли цільового збагачення, таблиці метаданих та ідентифікатори зразків.
- Надсилайте запити на запуск зразків і повторний аналіз у клієнтських облікових записах, відстежуйте їх і підтверджуйте завершення.
- Повторно індексуйте, завантажуйте та перевіряйте вузли наборів даних у різних середовищах розгортання.
- Створюйте індивідуальні витяги даних, наприклад фрагменти BAM, VCF на рівні колекцій і цільові файли TSV.
- Готуйте й перевіряйте якість результатів аналізу структурних варіантів, коротких тандемних повторів і метилювання перед передаванням партнерам.
- Співпрацюйте з командою розвитку бізнесу над демонстраційними наборами даних, перевірками концепції та оцінками обчислювальних витрат.
- Передавайте командам продукту й розробки впорядковані відгуки клієнтів для формування дорожньої карти.
- Порівнюйте програми пошуку варіантів і налаштування конвеєрів за допомогою бенчмаркінгу.
- Співпрацюйте зі старшим біоінформатиком над експериментальними функціями та беріть участь у внутрішньому біоінформатичному журнальному клубі.
Вимоги
- Ступінь магістра з обчислювальної біології, біоінформатики, біостатистики, інформатики або еквівалентний досвід.
- 1–3 роки професійного досвіду в біотехнологічній компанії, діагностиці чи клінічній біоінформатиці, бажано з роботою з клієнтами або партнерами.
- Відмінні навички письмового й усного спілкування, зокрема вміння пояснювати складні технічні питання людям без обчислювальної підготовки.
- Системний підхід до усунення несправностей і аналізу першопричин.
- Практичний досвід запуску та налагодження конвеєрів обробки даних NGS і оміксних даних.
- Робоче знання форматів FASTQ, BAM/CRAM, VCF і BED та інструментів аналізу.
- Впевнене володіння Python, R або Java, а також навички написання скриптів оболонки й роботи з командним рядком.
- Уважність до деталей і відповідальність за якість даних.
- Освіта або досвід у біології чи генетиці, розвинене критичне мислення та дослідницькі навички.
- Право на роботу в Канаді.
- Буде перевагою: досвід роботи з мовами опису робочих процесів, такими як WDL, CWL, Nextflow або Snakemake, і контейнерами, такими як Docker або Singularity.
- Буде перевагою: досвід роботи з GCP, AWS, Azure або середовищами HPC, зокрема з інструментами моніторингу та ведення журналів.
- Буде перевагою: досвід автоматизованого тестування або CI/CD для біоінформатичних конвеєрів.
- Буде перевагою: досвід роботи із системами якості або в регульованих середовищах, таких як CAP/CLIA чи ISO 13485.
- Буде перевагою: знайомство з платформами обробки заявок або підтримки клієнтів, такими як Jira Service Management, Zendesk чи Intercom.
- Буде перевагою: досвід секвенування довгих прочитань, зокрема аналізу структурних варіантів, STR і метилювання.
- Буде перевагою: навички статистичного аналізу та візуалізації даних.
- Буде перевагою: досвід лабораторної роботи з геномікою.
- Буде перевагою: знайомство із сучасними інструментами ШІ, такими як Claude Code.
Переваги
- Гнучкий графік і можливість віддаленої роботи, а також можливість працювати в офісі в Торонто.
- Медичне, стоматологічне та офтальмологічне страхування для працівників та їхніх утриманців.
- Три тижні відпустки.
- Необмежена оплачувана відпустка через хворобу.
- Доплати до виплат у зв’язку з вагітністю та пологами, а також батьківських виплат.
- Одноразова виплата на облаштування віддаленого робочого місця.
- Підтримка професійного розвитку та навчання.
- Можливість участі в програмі опціонів на акції для працівників.
- Можливість робити внесок у відкриту науку та глобальні ініціативи з обміну даними.