DNAstack разрабатывает Omics AI — SaaS-платформу, соответствующую стандартам и предназначенную для поиска, обмена и анализа геномных данных и данных о здоровье в распределённых исследовательских сетях. Федеративный подход позволяет хранителям данных предоставлять конфиденциальные наборы для анализа с помощью ИИ, не перенося их в централизованное хранилище, при этом поддерживая конфиденциальность, безопасность и стандарты GA4GH. Платформа используется в совместных проектах в области эпиднадзора за пандемиями, нейронаук, редких заболеваний и онкологии. DNAstack — компания-разработчик программного обеспечения, основанная в 2014 году; в её команде 11–50 сотрудников.
Специалист по работе с клиентами в биоинформатике
Помогайте клиентам работать с платформой DNAstack для обмена данными в прецизионной медицине: от управления геномными конвейерами и контроля качества до адаптации и технической поддержки.
Описание
- Выступайте основным техническим контактным лицом по обращениям клиентов, вопросам партнёров и запросам на передачу данных.
- Выясняйте причины сбоев вторичных и третичных запусков конвейеров, ошибок аннотации или сортировки и проблем с облачным доступом и устраняйте их.
- Находите первопричины отсутствующих вариантов, расхождений в контрольных образцах и задержек выполнения, а затем объясняйте результаты клиентам.
- Преобразуйте повторяющиеся проблемы в материалы базы знаний, инструкции по эксплуатации и ответы на частые вопросы.
- Контролируйте рабочие процессы в производственной среде и развёртывание наборов данных в Google Cloud Platform и AWS.
- Настраивайте и проводите проверки качества входных и выходных данных, включая идентичность образцов, покрытие и метрики на уровне вариантов.
- Проверяйте выпуски конвейеров и платформы с помощью регрессионных тестов и эталонных ресурсов, таких как GIAB.
- Прогнозируйте и отслеживайте вычислительные расходы рабочих процессов у разных облачных провайдеров.
- Регистрируйте инциденты и сопровождайте исправления инженерной команды до их завершения.
- Обновляйте зависимости конвейеров и повторно проверяйте весь рабочий процесс.
- Готовьте клиентов к началу работы, проверяя файлы целевого обогащения, таблицы метаданных и идентификаторы образцов.
- Запускайте и отслеживайте обработку образцов и повторный анализ в учётных записях клиентов, а также подтверждайте их завершение.
- Повторно индексируйте, загружайте и проверяйте узлы наборов данных в разных средах развёртывания.
- Формируйте индивидуальные выгрузки данных, например фрагменты BAM, VCF на уровне коллекций и целевые файлы TSV.
- Подготавливайте и проверяйте качество результатов анализа структурных вариантов, коротких тандемных повторов и метилирования перед передачей партнёрам.
- Работайте с командой по развитию бизнеса над демонстрационными наборами данных, проверками концепции и оценками вычислительных затрат.
- Передавайте командам продукта и разработки систематизированные отзывы клиентов для формирования дорожной карты.
- Сравнивайте программы поиска вариантов и настройки конвейеров с помощью бенчмаркинга.
- Сотрудничайте со старшим биоинформатиком над экспериментальными функциями и участвуйте во внутреннем биоинформатическом журнальном клубе.
Требования
- Степень магистра в области вычислительной биологии, биоинформатики, биостатистики, информатики или эквивалентный опыт.
- 1–3 года профессионального опыта в биотехнологической компании, диагностике или клинической биоинформатике, предпочтительно с работой с клиентами или партнёрами.
- Отличные навыки письменного и устного общения, в том числе умение объяснять сложные технические вопросы людям без вычислительной подготовки.
- Системный подход к устранению неполадок и анализу первопричин.
- Практический опыт запуска и отладки конвейеров обработки данных NGS и омиксных данных.
- Практическое знакомство с форматами FASTQ, BAM/CRAM, VCF и BED, а также инструментами анализа.
- Уверенное владение Python, R или Java, а также навыки написания скриптов оболочки и работы в командной строке.
- Внимание к деталям и ответственность за качество данных.
- Образование или опыт в биологии либо генетике, развитое критическое мышление и исследовательские навыки.
- Право на работу в Канаде.
- Будет преимуществом: опыт работы с языками описания рабочих процессов, такими как WDL, CWL, Nextflow или Snakemake, и контейнерами, такими как Docker или Singularity.
- Будет преимуществом: опыт работы с GCP, AWS, Azure или средами HPC, включая инструменты мониторинга и ведения журналов.
- Будет преимуществом: опыт автоматизированного тестирования или CI/CD для биоинформатических конвейеров.
- Будет преимуществом: опыт работы с системами качества или в регулируемых средах, например CAP/CLIA или ISO 13485.
- Будет преимуществом: знакомство с платформами обработки заявок или поддержки клиентов, такими как Jira Service Management, Zendesk или Intercom.
- Будет преимуществом: опыт секвенирования длинных прочтений, включая анализ структурных вариантов, STR и метилирования.
- Будет преимуществом: навыки статистического анализа и визуализации данных.
- Будет преимуществом: опыт лабораторной работы с геномикой.
- Будет преимуществом: знакомство с современными инструментами ИИ, такими как Claude Code.
Преимущества
- Гибкий график и возможность удалённой работы, а также возможность работать в офисе в Торонто.
- Медицинская, стоматологическая и офтальмологическая страховка для сотрудников и их иждивенцев.
- Три недели отпуска.
- Неограниченный оплачиваемый больничный.
- Доплаты к пособиям по беременности и родам, а также к родительским пособиям.
- Единовременная выплата на обустройство удалённого рабочего места.
- Поддержка профессионального развития и обучения.
- Возможность участия в программе опционов на акции для сотрудников.
- Возможность вносить вклад в открытую науку и глобальные инициативы по обмену данными.