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Cape Cod Technology Council, Inc.
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1 – 10 Employés
ConseilÉducationSoins de santé
Cape Cod Technology Council, Inc. est une organisation basée à Cape Cod qui soutient l’innovation et la collaboration dans l’ensemble du secteur technologique. Fondé en 1996, le conseil met en relation les entreprises et les professionnels locaux avec des ressources, des initiatives et des possibilités de réseautage axées sur la technologie. Ses activités couvrent le conseil, la santé et l’éducation, avec pour objectif de renforcer l’économie régionale grâce à une croissance portée par la technologie.
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Offres de l’entreprise

Associé de recherche II à distance – Génomique computationnelle marine

Appliquer des méthodes de biologie computationnelle et de bioinformatique à des jeux de données génomiques de microbes marins et de récifs coralliens. Soutenir la recherche sur la conservation des océans à la Woods Hole Oceanographic Institution.

USÉtats-UnisMAMassachusetts
70 963 $ – 91 796 $ / an
À distanceTemps pleinJuniorIntermédiaireLangue Requise : anglaisAnalyste de recherche
AssembleurAWSPythonSQLUnix

Description

  • Analyser des données de séquençage de microbes marins pour le Laboratoire d’écologie microbienne pour la conservation des océans
  • Construire et exécuter des pipelines de bioinformatique pour des projets de données de recherche
  • Traiter, analyser statistiquement, intégrer et visualiser des jeux de données de microbes marins fondés sur des séquences
  • Créer des plateformes de bioinformatique et d’analyse de données pour des organismes et systèmes environnementaux peu étudiés, en mettant l’accent sur les coraux et les écosystèmes de récifs coralliens
  • Soutenir les activités d’analyse et de gestion des données de recherche
  • Connecter les projets et les outils analytiques au cluster de calcul haute performance existant du laboratoire
  • Enseigner les techniques d’analyse pertinentes aux étudiants et au personnel lorsque nécessaire
  • Gérer le travail sur plusieurs projets simultanés
  • Effectuer les tâches sous la direction du laboratoire de la Dre Amy Apprill

Exigences

  • Un master en informatique, bioinformatique, océanographie, microbiologie, chimie, sciences de l’environnement ou discipline connexe, ou une licence avec plusieurs années d’expérience
  • Une expérience professionnelle pertinente est souhaitée
  • Une formation ou une expérience en bioinformatique est souhaitée
  • Une expérience en microbiologie marine est souhaitée
  • Un intérêt pour les environnements de récifs coralliens est souhaité
  • Expérience en génomique comparative, phylogénomique, analyse des gènes et des familles de protéines, inférence du contexte génomique et fonctionnel, formulation d’hypothèses reliant le génotype au phénotype, clusters de gènes biosynthétiques, voies métaboliques, assemblage et annotation de génomes et de métagénomes, métagénomique, métatranscriptomique, séquençage à lectures longues, analyses fondées sur des HMM, regroupement de protéines, comparaison de séquences à grande échelle et analyse du gène 16S rRNA
  • Maîtrise de Python et des bibliothèques scientifiques, de R, de Bash/Unix, de SQL, de Nextflow ou Snakemake, des environnements HPC, de SLURM ou Sun Grid Engine, d’AWS, de Git et de flux de travail computationnels évolutifs
  • Connaissance de MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK et des outils d’analyse comparative ou phylogénétique
  • Une expérience pratique des méthodes de séquençage, de l’isolement de l’ADN et de l’ARN, de la PCR, de la qRT-PCR, de la culture et de la fermentation microbiennes ainsi que de la conception expérimentale reliant les prédictions génomiques aux phénotypes biologiques est souhaitée
  • Capacité à gérer plusieurs projets simultanément
  • Soumettre un curriculum vitae complet avec les coordonnées de trois références
  • Soumettre une lettre de motivation détaillée décrivant l’expérience pertinente pour le poste

Avantages

  • Tous les avantages sont fournis
  • Forfait complet d’avantages sociaux
  • Emploi à temps plein, exonéré
  • Le poste est renouvelable chaque année en fonction des performances et de la disponibilité des financements

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