Cape Cod Technology Council, Inc. е организация със седалище на Кейп Код, която подкрепя иновациите и сътрудничеството в технологичния сектор. Съветът е основан през 1996 г. и свързва местни предприятия и професионалисти с технологично ориентирани ресурси, инициативи и възможности за създаване на контакти. Дейността му обхваща консултантски услуги, здравеопазване и образование, като се стреми да укрепва регионалната икономика чрез растеж, основан на технологиите.
Дистанционно работещ научен сътрудник II – морска изчислителна геномика
Прилагайте методи от изчислителната биология и биоинформатиката към геномни набори от данни за морски микроорганизми и коралови рифове. Подпомагайте изследванията за опазване на океаните в океанографския институт Woods Hole.
Описание
- Анализирайте данни от секвениране на морски микроорганизми за лабораторията по микробна екология за опазване на океаните
- Изграждайте и изпълнявайте биоинформатични работни потоци за изследователски проекти с данни
- Обработвайте, анализирайте статистически, интегрирайте и визуализирайте набори от данни за морски микроорганизми, получени чрез секвениране
- Създавайте биоинформатични платформи и платформи за анализ на данни за недостатъчно изследвани организми и системи на околната среда, с фокус върху коралите и екосистемите на кораловите рифове
- Подпомагайте дейностите по анализ и управление на изследователски данни
- Свързвайте проектите и аналитичните инструменти със съществуващия високопроизводителен изчислителен клъстер на лабораторията
- При необходимост обучавайте студенти и служители в подходящи аналитични техники
- Управлявайте работата по няколко едновременно изпълнявани проекта
- Изпълнявайте задълженията си под ръководството на лабораторията на д-р Amy Apprill
Изисквания
- Магистърска степен по компютърни науки, биоинформатика, океанография, микробиология, химия, науки за околната среда или сродна дисциплина, или бакалавърска степен с няколко години опит
- Съответният професионален опит е предимство
- Обучение или опит в биоинформатиката е предимство
- Опитът в морската микробиология е предимство
- Интересът към средите на кораловите рифове е предимство
- Опит в сравнителната геномика, филогеномиката, анализа на гени и протеинови семейства, извеждането на геномен контекст и функция, разработването на хипотези, свързващи генотипа с фенотипа, биосинтетичните генни клъстери, метаболитните пътища, сглобяването и анотацията на геноми и метагеноми, метагеномиката, метатранскриптомиката, секвенирането с дълги прочити, HMM-базирани анализи, клъстерирането на протеини, широкомащабното сравнение на последователности и анализа на 16S rRNA гени
- Отлично владеене на Python и научни библиотеки, R, Bash/Unix, SQL, Nextflow или Snakemake, HPC среди, SLURM или Sun Grid Engine, AWS, Git и мащабируеми изчислителни работни потоци
- Познаване на MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK и инструменти за сравнителен или филогенетичен анализ
- Практическият опит с методи за секвениране, изолиране на ДНК и РНК, PCR, qRT-PCR, култивиране и ферментация на микроорганизми и експериментален дизайн, свързващ геномни прогнози с биологични фенотипи, е предимство
- Способност за едновременно управление на няколко проекта
- Представете пълна автобиография с данни за контакт на трима референти
- Представете подробно мотивационно писмо, описващо опита, свързан с позицията
Придобивки
- Предоставят се всички придобивки
- Пълен пакет придобивки
- Пълна заетост без право на допълнително заплащане за извънреден труд
- Позицията се подновява ежегодно въз основа на представянето и наличното финансиране