Το Cape Cod Technology Council, Inc. είναι ένας οργανισμός με έδρα το Cape Cod που υποστηρίζει την καινοτομία και τη συνεργασία σε όλο τον τεχνολογικό κλάδο. Το συμβούλιο ιδρύθηκε το 1996 και συνδέει τοπικές επιχειρήσεις και επαγγελματίες με πόρους, πρωτοβουλίες και ευκαιρίες δικτύωσης που επικεντρώνονται στην τεχνολογία. Το έργο του καλύπτει τους τομείς των συμβουλευτικών υπηρεσιών, της υγειονομικής περίθαλψης και της εκπαίδευσης, με έμφαση στην ενίσχυση της περιφερειακής οικονομίας μέσω της τεχνολογικά驱ούμενης ανάπτυξης.
Ερευνητικός Συνεργάτης II – Υπολογιστική Θαλάσσια Γονιδιωματική εξ αποστάσεως
Εφαρμογή μεθόδων υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής σε γονιδιωματικά σύνολα δεδομένων θαλάσσιων μικροοργανισμών και κοραλλιογενών υφάλων. Υποστήριξη έρευνας για τη διατήρηση των ωκεανών στο Ωκεανογραφικό Ίδρυμα Woods Hole.
Περιγραφή
- Ανάλυση δεδομένων αλληλούχησης θαλάσσιων μικροοργανισμών για το Εργαστήριο Μικροβιακής Οικολογίας για τη Διατήρηση των Ωκεανών
- Σχεδιασμός και εκτέλεση αγωγών βιοπληροφορικής για ερευνητικά έργα δεδομένων
- Επεξεργασία, στατιστική ανάλυση, ενοποίηση και οπτικοποίηση θαλάσσιων μικροβιακών συνόλων δεδομένων που βασίζονται σε αλληλουχίες
- Δημιουργία πλατφορμών βιοπληροφορικής και ανάλυσης δεδομένων για ανεπαρκώς μελετημένους οργανισμούς και περιβαλλοντικά συστήματα, με έμφαση στα κοράλλια και τα οικοσυστήματα κοραλλιογενών υφάλων
- Υποστήριξη δραστηριοτήτων ανάλυσης και διαχείρισης ερευνητικών δεδομένων
- Σύνδεση έργων και αναλυτικών εργαλείων με το υπάρχον σύμπλεγμα υπολογιστών υψηλών επιδόσεων του εργαστηρίου
- Διδασκαλία σχετικών τεχνικών ανάλυσης σε φοιτητές και προσωπικό όταν χρειάζεται
- Διαχείριση εργασιών σε πολλά ταυτόχρονα έργα
- Εκτέλεση καθηκόντων υπό την καθοδήγηση του εργαστηρίου της Δρος Amy Apprill
Απαιτήσεις
- Μεταπτυχιακός τίτλος στην επιστήμη υπολογιστών, τη βιοπληροφορική, την ωκεανογραφία, τη μικροβιολογία, τη χημεία, την περιβαλλοντική επιστήμη ή συναφή κλάδο, ή πτυχίο με αρκετά έτη εμπειρίας
- Προτιμάται σχετική επαγγελματική εμπειρία
- Προτιμάται εκπαίδευση ή εμπειρία στη βιοπληροφορική
- Προτιμάται εμπειρία στη θαλάσσια μικροβιολογία
- Προτιμάται ενδιαφέρον για περιβάλλοντα κοραλλιογενών υφάλων
- Εμπειρία στη συγκριτική γονιδιωματική, τη φυλογονιδιωματική, την ανάλυση γονιδίων και οικογενειών πρωτεϊνών, τη γονιδιωματική και λειτουργική συναγωγή, την ανάπτυξη υποθέσεων από τον γονότυπο στον φαινότυπο, τις βιοσυνθετικές συστάδες γονιδίων, τις μεταβολικές οδούς, τη συναρμολόγηση και σχολιασμό γονιδιωμάτων και μεταγονιδιωμάτων, τη μεταγονιδιωματική, τη μετατρανσκριπτομική, την αλληλούχηση μακρών αναγνωσμάτων, αναλύσεις βασισμένες σε HMM, την ομαδοποίηση πρωτεϊνών, τη μεγάλης κλίμακας σύγκριση αλληλουχιών και την ανάλυση του γονιδίου 16S rRNA
- Επάρκεια σε Python και επιστημονικές βιβλιοθήκες, R, Bash/Unix, SQL, Nextflow ή Snakemake, περιβάλλοντα HPC, SLURM ή Sun Grid Engine, AWS, Git και κλιμακούμενες υπολογιστικές ροές εργασίας
- Εξοικείωση με τα MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK και εργαλεία συγκριτικής ή φυλογενετικής ανάλυσης
- Προτιμάται πρακτική εμπειρία σε μεθόδους αλληλούχησης, απομόνωση DNA και RNA, PCR, qRT-PCR, μικροβιακή καλλιέργεια και ζύμωση, καθώς και στον πειραματικό σχεδιασμό που συνδέει γονιδιωματικές προβλέψεις με βιολογικούς φαινοτύπους
- Ικανότητα ταυτόχρονης διαχείρισης πολλών έργων
- Υποβολή πλήρους βιογραφικού σημειώματος με στοιχεία επικοινωνίας για τρεις συστάσεις
- Υποβολή αναλυτικής συνοδευτικής επιστολής που περιγράφει σχετική εμπειρία για τη θέση
Παροχές
- Παρέχονται όλες οι παροχές
- Ολοκληρωμένο πακέτο παροχών
- Πλήρης απασχόληση, με εξαίρεση από την αμοιβή υπερωριών
- Η θέση μπορεί να ανανεώνεται ετησίως, ανάλογα με την απόδοση και τη διαθεσιμότητα χρηματοδότησης