Cape Cod Technology Council, Inc. to organizacja z Cape Cod wspierająca innowacje i współpracę w sektorze technologicznym. Założona w 1996 roku rada łączy lokalne firmy i specjalistów z zasobami, inicjatywami oraz możliwościami nawiązywania kontaktów związanymi z technologią. Jej działalność obejmuje doradztwo, opiekę zdrowotną i edukację, a jej celem jest wzmacnianie regionalnej gospodarki poprzez rozwój oparty na technologiach.
Naukowiec II ds. morskiej genomiki obliczeniowej — praca zdalna
Stosuj metody biologii obliczeniowej i bioinformatyki do danych genomowych morskich mikroorganizmów i raf koralowych. Wspieraj badania nad ochroną oceanów w Woods Hole Oceanographic Institution.
Opis
- Analizować dane sekwencjonowania morskich mikroorganizmów dla Laboratorium Ekologii Mikroorganizmów na rzecz Ochrony Oceanów
- Tworzyć i uruchamiać potoki bioinformatyczne dla projektów badawczych wykorzystujących dane
- Przetwarzać, analizować statystycznie, integrować i wizualizować oparte na sekwencjonowaniu zbiory danych dotyczące morskich mikroorganizmów
- Tworzyć platformy bioinformatyczne i platformy analizy danych dla niedostatecznie zbadanych organizmów i systemów środowiskowych, ze szczególnym uwzględnieniem koralowców i ekosystemów raf koralowych
- Wspierać analizę danych badawczych i działania związane z zarządzaniem nimi
- Łączyć projekty i narzędzia analityczne z istniejącym wysokowydajnym klastrem obliczeniowym laboratorium
- W razie potrzeby uczyć studentów i pracowników odpowiednich technik analitycznych
- Zarządzać pracą nad wieloma równoległymi projektami
- Wykonywać obowiązki pod kierunkiem laboratorium dr Amy Apprill
Wymagania
- Stopień magistra w dziedzinie informatyki, bioinformatyki, oceanografii, mikrobiologii, chemii, nauk o środowisku lub pokrewnej dyscyplinie albo stopień licencjata z kilkuletnim doświadczeniem
- Preferowane jest odpowiednie doświadczenie zawodowe
- Preferowane jest przeszkolenie lub doświadczenie w bioinformatyce
- Preferowane jest doświadczenie w mikrobiologii morskiej
- Preferowane jest zainteresowanie środowiskami raf koralowych
- Doświadczenie w zakresie genomiki porównawczej, filogenomiki, analizy genów i rodzin białek, analizy kontekstu genomowego i wnioskowania funkcjonalnego, opracowywania hipotez dotyczących związku genotypu z fenotypem, klastrów genów biosyntetycznych, szlaków metabolicznych, składania i anotacji genomów oraz metagenomów, metagenomiki, metatranskryptomiki, sekwencjonowania długich odczytów, analiz opartych na HMM, klasteryzacji białek, wielkoskalowego porównywania sekwencji i analizy genów 16S rRNA
- Biegłość w Pythonie i bibliotekach naukowych, R, Bash/Unix, SQL, Nextflow lub Snakemake, środowiskach HPC, SLURM lub Sun Grid Engine, AWS, Git oraz skalowalnych przepływach pracy obliczeniowej
- Znajomość MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK oraz narzędzi do analiz porównawczych lub filogenetycznych
- Preferowane praktyczne doświadczenie z metodami sekwencjonowania, izolacją DNA i RNA, PCR, qRT-PCR, hodowlą i fermentacją mikroorganizmów oraz projektowaniem eksperymentów łączących przewidywania genomowe z fenotypami biologicznymi
- Umiejętność jednoczesnego zarządzania wieloma projektami
- Należy złożyć pełne CV zawierające dane kontaktowe trzech osób udzielających referencji
- Należy złożyć szczegółowy list motywacyjny opisujący doświadczenie odpowiednie dla tego stanowiska
Benefity
- Zapewniany jest pełny pakiet świadczeń
- Kompleksowy pakiet świadczeń
- Praca na pełny etat, stanowisko exempt
- Stanowisko jest odnawiane corocznie w zależności od wyników pracy i dostępności finansowania