Cape Cod Technology Council, Inc. je organizácia so sídlom na Cape Code, ktorá podporuje inovácie a spoluprácu v technologickom sektore. Rada bola založená v roku 1996 a prepája miestne podniky a odborníkov so zdrojmi, iniciatívami a príležitosťami na vytváranie kontaktov zameranými na technológie. Jej činnosť zahŕňa poradenstvo, zdravotníctvo a vzdelávanie, pričom sa zameriava na posilňovanie regionálnej ekonomiky prostredníctvom rastu podporovaného technológiami.
Vzdialený výskumný pracovník II – morská komputatívna genomika
Aplikujte metódy výpočtovej biológie a bioinformatiky na genomické údaje morských mikroorganizmov a koralových útesov. Podporte výskum ochrany oceánov v oceánografickom inštitúte Woods Hole.
Popis
- Analyzujte sekvenačné údaje morských mikroorganizmov pre Laboratórium mikrobiálnej ekológie na ochranu oceánov
- Vytvárajte a spúšťajte bioinformatické postupy pre projekty výskumu údajov
- Spracúvajte, štatisticky analyzujte, integrujte a vizualizujte sekvenčné údaje o morských mikroorganizmoch
- Vytvárajte bioinformatické platformy a platformy na analýzu údajov pre nedostatočne preskúmané organizmy a environmentálne systémy so zameraním na koraly a ekosystémy koralových útesov
- Podporujte analýzu a správu výskumných údajov
- Prepájajte projekty a analytické nástroje s existujúcim vysokovýkonným výpočtovým klastrom laboratória
- V prípade potreby učte študentov a zamestnancov relevantné analytické techniky
- Riadiť prácu na viacerých súbežných projektoch
- Vykonávajte úlohy pod vedením laboratória Dr. Amy Apprillovej
Požiadavky
- Magisterské vzdelanie v odbore počítačové vedy, bioinformatika, oceánografia, mikrobiológia, chémia, environmentálne vedy alebo príbuznom odbore, prípadne bakalárske vzdelanie s niekoľkoročnou praxou
- Relevantná odborná prax je výhodou
- Školenie alebo prax v bioinformatike sú výhodou
- Prax v morskej mikrobiológii je výhodou
- Záujem o prostredie koralových útesov je výhodou
- Skúsenosti s komparatívnou genomikou, fylogenomikou, analýzou génov a proteínových rodín, inferenciou genomického kontextu a funkcie, tvorbou hypotéz prepájajúcich genotyp s fenotypom, biosyntetickými génovými klastrami, metabolickými dráhami, zostavovaním a anotáciou genómov a metagenómov, metagenomikou, metatranskriptomikou, sekvenovaním dlhých čítaní, analýzami založenými na HMM, klastrovaním proteínov, rozsiahlym porovnávaním sekvencií a analýzou génov 16S rRNA
- Pokročilá znalosť jazyka Python a vedeckých knižníc, jazyka R, Bash/Unix, SQL, nástrojov Nextflow alebo Snakemake, prostredí HPC, systémov SLURM alebo Sun Grid Engine, AWS, Git a škálovateľných výpočtových postupov
- Znalosť nástrojov MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK a nástrojov na komparatívnu alebo fylogenetickú analýzu
- Výhodou je praktická skúsenosť so sekvenačnými metódami, izoláciou DNA a RNA, PCR, qRT-PCR, kultiváciou a fermentáciou mikroorganizmov a experimentálnym návrhom prepájajúcim genomické predikcie s biologickými fenotypmi
- Schopnosť riadiť viacero projektov súčasne
- Predložte úplný životopis s kontaktnými údajmi na troch referenčných pracovníkov
- Predložte podrobný motivačný list opisujúci skúsenosti relevantné pre túto pozíciu
Benefity
- Poskytujú sa všetky benefity
- Komplexný balík benefitov
- Práca na plný úväzok s výnimkou z nároku na nadčasy
- Pozícia sa každoročne obnovuje na základe pracovného výkonu a dostupnosti financovania