Cape Cod Technology Council, Inc. é uma organização sediada em Cape Cod que apoia a inovação e a colaboração em todo o setor de tecnologia. Fundado em 1996, o conselho conecta empresas e profissionais locais a recursos, iniciativas e oportunidades de networking voltados para a tecnologia. Seu trabalho abrange consultoria, saúde e educação, com foco no fortalecimento da economia regional por meio do crescimento impulsionado pela tecnologia.
Associado de Pesquisa II Remoto – Genômica Computacional Marinha
Aplique métodos de biologia computacional e bioinformática a conjuntos de dados genômicos de microrganismos marinhos e recifes de coral. Apoie pesquisas sobre conservação dos oceanos na Woods Hole Oceanographic Institution.
Descrição
- Analisar dados de sequenciamento de microrganismos marinhos para o Laboratório de Ecologia Microbiana para a Conservação dos Oceanos
- Construir e executar pipelines de bioinformática para projetos de dados de pesquisa
- Processar, analisar estatisticamente, integrar e visualizar conjuntos de dados de microrganismos marinhos baseados em sequências
- Criar plataformas de bioinformática e análise de dados para organismos e sistemas ambientais pouco estudados, com foco em corais e ecossistemas de recifes de coral
- Apoiar atividades de análise e gestão de dados de pesquisa
- Conectar projetos e ferramentas analíticas ao cluster de computação de alto desempenho existente do laboratório
- Ensinar técnicas de análise relevantes a estudantes e funcionários quando necessário
- Gerenciar o trabalho em vários projetos simultâneos
- Desempenhar as funções sob a direção do laboratório da Dra. Amy Apprill
Requisitos
- Mestrado em ciência da computação, bioinformática, oceanografia, microbiologia, química, ciência ambiental ou disciplina relacionada, ou bacharelado com vários anos de experiência
- Experiência profissional relevante é preferencial
- Formação ou experiência em bioinformática é preferencial
- Experiência em microbiologia marinha é preferencial
- Interesse por ambientes de recifes de coral é preferencial
- Experiência com genômica comparativa, filogenômica, análise de genes e famílias de proteínas, inferência de contexto genômico e funcional, desenvolvimento de hipóteses de genótipo para fenótipo, agrupamentos de genes biossintéticos, vias metabólicas, montagem e anotação de genomas e metagenomas, metagenômica, metatranscriptômica, sequenciamento de leituras longas, análises baseadas em HMM, agrupamento de proteínas, comparação de sequências em larga escala e análise do gene 16S rRNA
- Proficiência em Python e bibliotecas científicas, R, Bash/Unix, SQL, Nextflow ou Snakemake, ambientes HPC, SLURM ou Sun Grid Engine, AWS, Git e fluxos de trabalho computacionais escaláveis
- Familiaridade com MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK e ferramentas de análise comparativa ou filogenética
- Experiência prática preferencial com métodos de sequenciamento, isolamento de DNA e RNA, PCR, qRT-PCR, cultivo e fermentação microbiana e desenho experimental que relacione previsões genômicas a fenótipos biológicos
- Capacidade de gerenciar vários projetos simultaneamente
- Enviar um currículo completo com os dados de contato de três referências
- Enviar uma carta de apresentação detalhada descrevendo a experiência relevante para o cargo
Benefícios
- Todos os benefícios são oferecidos
- Pacote abrangente de benefícios
- Emprego em período integral, com isenção de horas extras
- O cargo é renovável anualmente com base no desempenho e na disponibilidade de financiamento