Cape Cod Technology Council, Inc. je organizace působící na Cape Cod, která podporuje inovace a spolupráci v technologickém sektoru. Rada byla založena v roce 1996 a propojuje místní firmy a odborníky se zdroji, iniciativami a možnostmi navazování kontaktů zaměřenými na technologie. Její činnost zahrnuje poradenství, zdravotnictví a vzdělávání a zaměřuje se na posilování regionální ekonomiky prostřednictvím technologicky orientovaného růstu.
Výzkumný pracovník II pro mořskou výpočetní genomiku — práce na dálku
Uplatňujte metody výpočetní biologie a bioinformatiky na genomická data mořských mikroorganismů a korálových útesů. Podporujte výzkum ochrany oceánů v oceánografickém institutu Woods Hole.
Popis
- Analyzovat data sekvenování mořských mikroorganismů pro Laboratoř mikrobiální ekologie pro ochranu oceánů
- Vytvářet a spouštět bioinformatické pipeline pro výzkumné datové projekty
- Zpracovávat, statisticky analyzovat, integrovat a vizualizovat sekvenační datové soubory o mořských mikroorganismech
- Vytvářet bioinformatické platformy a platformy pro analýzu dat pro nedostatečně prozkoumané organismy a environmentální systémy se zaměřením na korály a ekosystémy korálových útesů
- Podporovat analýzu výzkumných dat a činnosti spojené s jejich správou
- Propojovat projekty a analytické nástroje se stávajícím vysoce výkonným výpočetním clusterem laboratoře
- Podle potřeby školit studenty a zaměstnance v příslušných analytických technikách
- Řídit práci na několika souběžných projektech
- Plnit povinnosti pod vedením laboratoře doktorky Amy Apprill
Požadavky
- Magisterský titul v oboru informatiky, bioinformatiky, oceánografie, mikrobiologie, chemie, environmentálních věd nebo příbuzném oboru, případně bakalářský titul s několika lety praxe
- Relevantní odborná praxe je výhodou
- Školení nebo zkušenosti v bioinformatice jsou výhodou
- Zkušenosti s mořskou mikrobiologií jsou výhodou
- Zájem o prostředí korálových útesů je výhodou
- Zkušenosti s komparativní genomikou, fylogenomikou, analýzou genů a proteinových rodin, analýzou genomového kontextu a funkční inferencí, tvorbou hypotéz o vztahu genotypu a fenotypu, biosyntetickými genovými klastry, metabolickými drahami, sestavováním a anotací genomů a metagenomů, metagenomikou, metatranskriptomikou, sekvenováním dlouhých čtení, analýzami založenými na HMM, shlukováním proteinů, rozsáhlým porovnáváním sekvencí a analýzou genu 16S rRNA
- Pokročilá znalost Pythonu a vědeckých knihoven, R, Bash/Unix, SQL, Nextflow nebo Snakemake, prostředí HPC, SLURM nebo Sun Grid Engine, AWS, Gitu a škálovatelných výpočetních pracovních postupů
- Znalost nástrojů MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK a nástrojů pro komparativní nebo fylogenetickou analýzu
- Výhodou jsou praktické zkušenosti se sekvenačními metodami, izolací DNA a RNA, PCR, qRT-PCR, kultivací a fermentací mikroorganismů a experimentálním designem propojujícím genomické predikce s biologickými fenotypy
- Schopnost řídit více projektů současně
- Předložit úplný profesní životopis s kontaktními údaji tří referencí
- Předložit podrobný motivační dopis popisující zkušenosti relevantní pro tuto pozici
Benefity
- Je poskytován úplný balíček zaměstnaneckých výhod
- Komplexní balíček zaměstnaneckých výhod
- Práce na plný úvazek, pozice v režimu exempt
- Pozice se každoročně obnovuje na základě pracovního výkonu a dostupnosti financování