Cape Cod Technology Council, Inc. es una organización con sede en Cape Cod que apoya la innovación y la colaboración en todo el sector tecnológico. Fundado en 1996, el consejo conecta a empresas y profesionales locales con recursos, iniciativas y oportunidades de creación de redes centrados en la tecnología. Su labor abarca la consultoría, la atención sanitaria y la educación, con el objetivo de fortalecer la economía regional mediante un crecimiento impulsado por la tecnología.
Asociado/a de Investigación II Remoto – Genómica Computacional Marina
Aplica métodos de biología computacional y bioinformática a conjuntos de datos genómicos de microbios marinos y arrecifes de coral. Apoya la investigación sobre conservación de los océanos en la Woods Hole Oceanographic Institution.
Descripción
- Analizar datos de secuenciación de microbios marinos para el Laboratorio de Ecología Microbiana para la Conservación de los Océanos
- Construir y ejecutar canalizaciones bioinformáticas para proyectos de datos de investigación
- Procesar, analizar estadísticamente, integrar y visualizar conjuntos de datos de microbios marinos basados en secuencias
- Crear plataformas de bioinformática y análisis de datos para organismos y sistemas ambientales poco estudiados, con énfasis en corales y ecosistemas de arrecifes de coral
- Apoyar las actividades de análisis y gestión de datos de investigación
- Conectar proyectos y herramientas analíticas con el clúster de computación de alto rendimiento existente del laboratorio
- Enseñar técnicas de análisis pertinentes a estudiantes y personal cuando sea necesario
- Gestionar el trabajo de varios proyectos simultáneos
- Desempeñar las funciones bajo la dirección del laboratorio de la Dra. Amy Apprill
Requisitos
- Una maestría en informática, bioinformática, oceanografía, microbiología, química, ciencias ambientales o una disciplina relacionada, o una licenciatura con varios años de experiencia
- Se prefiere experiencia profesional pertinente
- Se prefieren formación o experiencia en bioinformática
- Se prefiere experiencia en microbiología marina
- Se prefiere interés en entornos de arrecifes de coral
- Experiencia en genómica comparativa, filogenómica, análisis de genes y familias de proteínas, inferencia del contexto genómico y funcional, desarrollo de hipótesis de genotipo a fenotipo, clústeres de genes biosintéticos, rutas metabólicas, ensamblaje y anotación de genomas y metagenomas, metagenómica, metatranscriptómica, secuenciación de lecturas largas, análisis basados en HMM, agrupación de proteínas, comparación de secuencias a gran escala y análisis del gen 16S rRNA
- Dominio de Python y bibliotecas científicas, R, Bash/Unix, SQL, Nextflow o Snakemake, entornos HPC, SLURM o Sun Grid Engine, AWS, Git y flujos de trabajo computacionales escalables
- Familiaridad con MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK y herramientas de análisis comparativo o filogenético
- Se prefiere experiencia práctica con métodos de secuenciación, aislamiento de ADN y ARN, PCR, qRT-PCR, cultivo y fermentación microbianos, y diseño experimental que vincule predicciones genómicas con fenotipos biológicos
- Capacidad para gestionar varios proyectos simultáneamente
- Presentar un currículum vitae completo con los datos de contacto de tres referencias
- Presentar una carta de presentación detallada que describa la experiencia pertinente para el puesto
Beneficios
- Se proporcionan todos los beneficios
- Paquete integral de beneficios
- Empleo a tiempo completo, exento
- El puesto se renueva anualmente según el desempeño y la disponibilidad de financiación