Cape Cod Technology Council, Inc. ir Keipkodā bāzēta organizācija, kas atbalsta inovācijas un sadarbību tehnoloģiju nozarē. Padome, kas dibināta 1996. gadā, savieno vietējos uzņēmumus un profesionāļus ar tehnoloģijām saistītiem resursiem, iniciatīvām un tīklošanās iespējām. Tās darbība aptver konsultācijas, veselības aprūpi un izglītību, īpašu uzmanību pievēršot reģiona ekonomikas stiprināšanai, veicinot tehnoloģijās balstītu izaugsmi.
Attālināts pētniecības asistents II – jūras skaitļošanas genomika
Pielietojiet skaitļošanas bioloģijas un bioinformātikas metodes jūras mikroorganismu un koraļļu rifu genoma datu kopām. Atbalstiet okeānu aizsardzības pētījumus Woods Hole Oceanographic Institution.
Apraksts
- Analizēt jūras mikroorganismu sekvencēšanas datus Microbial Ecology for Ocean Conservation laboratorijai
- Veidot un izpildīt bioinformātikas darba plūsmas pētniecības datu projektiem
- Apstrādāt, statistiski analizēt, integrēt un vizualizēt uz sekvencēšanu balstītas jūras mikroorganismu datu kopas
- Izveidot bioinformātikas un datu analīzes platformas maz pētītiem organismiem un vides sistēmām, īpašu uzmanību pievēršot koraļļiem un koraļļu rifu ekosistēmām
- Atbalstīt pētniecības datu analīzes un pārvaldības darbības
- Savienot projektus un analīzes rīkus ar laboratorijas esošo augstas veiktspējas skaitļošanas klasteri
- Vajadzības gadījumā mācīt studentiem un darbiniekiem atbilstošas analīzes metodes
- Pārvaldīt darbu vairākos vienlaikus īstenojamos projektos
- Veikt pienākumus dr. Amy Apprill laboratorijas vadībā
Prasības
- Maģistra grāds datorzinātnē, bioinformātikā, okeanogrāfijā, mikrobioloģijā, ķīmijā, vides zinātnē vai saistītā jomā, vai bakalaura grāds un vairāku gadu pieredze
- Atbilstoša profesionālā pieredze tiks uzskatīta par priekšrocību
- Bioinformātikas apmācība vai pieredze tiks uzskatīta par priekšrocību
- Pieredze jūras mikrobioloģijā tiks uzskatīta par priekšrocību
- Interese par koraļļu rifu vidi tiks uzskatīta par priekšrocību
- Pieredze salīdzinošajā genomikā, filogenomikā, gēnu un olbaltumvielu ģimeņu analīzē, genoma konteksta un funkcijas secināšanā, hipotēžu izstrādē par genotipa saistību ar fenotipu, biosintētisko gēnu klasteros, metabolisma ceļos, genoma un metagenoma komplektēšanā un anotēšanā, metagenomikā, metatranskriptomikā, garo nolasījumu sekvencēšanā, HMM balstītās analīzēs, olbaltumvielu klasterizācijā, liela mēroga sekvenču salīdzināšanā un 16S rRNS gēnu analīzē
- Prasme strādāt ar Python un zinātniskajām bibliotēkām, R, Bash/Unix, SQL, Nextflow vai Snakemake, HPC vidēm, SLURM vai Sun Grid Engine, AWS, Git un mērogojamām skaitļošanas darba plūsmām
- MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK un salīdzinošās vai filoģenētiskās analīzes rīku pārzināšana
- Vēlama praktiskā pieredze sekvencēšanas metodēs, DNS un RNS izolēšanā, PCR, qRT-PCR, mikroorganismu kultivēšanā un fermentācijā, kā arī eksperimentu izstrādē, kas genomiskās prognozes sasaista ar bioloģiskajiem fenotipiem
- Spēja vienlaikus pārvaldīt vairākus projektus
- Iesniegt pilnu dzīvesgājuma aprakstu ar trīs atsauksmju sniedzēju kontaktinformāciju
- Iesniegt detalizētu motivācijas vēstuli, kurā aprakstīta amatam atbilstošā pieredze
Priekšrocības
- Tiek nodrošināti visi paredzētie labumi
- Visaptveroša labumu pakete
- Pilna laika darbs, uz kuru neattiecas virsstundu piemaksas
- Amatu var atjaunot katru gadu atkarībā no darba rezultātiem un finansējuma pieejamības