Cape Cod Technology Council, Inc. on Cape Codissa toimiva organisaatio, joka tukee innovaatioita ja yhteistyötä teknologia-alalla. Vuonna 1996 perustettu neuvosto yhdistää paikalliset yritykset ja ammattilaiset teknologiaan keskittyviin resursseihin, hankkeisiin ja verkostoitumismahdollisuuksiin. Sen toiminta ulottuu konsultointiin, terveydenhuoltoon ja koulutukseen, ja tavoitteena on vahvistaa alueellista taloutta teknologialähtöisen kasvun avulla.
Etänä työskentelevä tutkimusassistentti II – merellinen laskennallinen genomiikka
Sovella laskennallisen biologian ja bioinformatiikan menetelmiä merellisten mikrobien ja koralliriuttojen genomiaineistoihin. Tue merensuojelun tutkimusta Woods Hole Oceanographic Institutionissa.
Yhdysvallat
Massachusetts70 963 $ – 91 796 $ / vuosi
EtätyöKokoaikainenJuniorKeskitasoVaadittu Kieli: englantiTutkimusanalyytikkoKuvaus
- Analysoi merellisten mikrobien sekvensointiaineistoja Microbial Ecology for Ocean Conservation -laboratoriolle
- Rakenna ja suorita bioinformatiikan työnkulkuja tutkimusaineistoprojekteihin
- Käsittele, analysoi tilastollisesti, integroi ja visualisoi sekvenssipohjaisia merellisten mikrobien aineistoja
- Luo bioinformatiikan ja data-analyysin alustoja vähän tutkituilla eliöillä ja ympäristöjärjestelmissä tehtävään tutkimukseen, painottaen koralleja ja koralliriuttaekosysteemejä
- Tue tutkimusaineistojen analysointia ja hallintaa
- Yhdistä projektit ja analyysityökalut laboratorion olemassa olevaan suurteholaskentaklusteriin
- Opeta opiskelijoille ja henkilöstölle tarvittaessa olennaisia analyysitekniikoita
- Hallinnoi useita samanaikaisia projekteja
- Työskentele tohtori Amy Apprillin laboratorion johdolla
Vaatimukset
- Tietojenkäsittelytieteen, bioinformatiikan, merentutkimuksen, mikrobiologian, kemian, ympäristötieteen tai lähialan maisterin tutkinto tai kandidaatin tutkinto ja usean vuoden työkokemus
- Aiempi soveltuva työkokemus katsotaan eduksi
- Bioinformatiikan koulutus tai kokemus katsotaan eduksi
- Kokemus merimikrobiologiasta katsotaan eduksi
- Kiinnostus koralliriuttaympäristöihin katsotaan eduksi
- Kokemus vertailevasta genomiikasta, fylogenomiiikasta, geeni- ja proteiiniperheanalyysistä, genomikontekstin ja toiminnan päättelystä, genotyypistä fenotyypiksi etenevien hypoteesien kehittämisestä, biosynteettisistä geenikl |ustereista, aineenvaihduntareiteistä, genomien ja metagenomien kokoamisesta ja annotoinnista, metagenomiikasta, metatranskriptomiikasta, pitkien lukujen sekvensoinnista, HMM-pohjaisista analyyseistä, proteiinien klusteroinnista, laajamittaisesta sekvenssivertailusta ja 16S-rRNA-geenien analyysistä
- Pythonin ja tieteellisten kirjastojen, R:n, Bashin/Unixin, SQL:n, Nextflow'n tai Snakemaken, HPC-ympäristöjen, SLURMin tai Sun Grid Enginen, AWS:n, Gitin ja skaalautuvien laskennallisten työnkulkujen hyvä hallinta
- MEGAHIT-, Prodigal-, HMMER/Pfam- ja CD-HIT-työkalujen sekä GATK:n ja vertailevan tai fylogeneettisen analyysin työkalujen tuntemus
- Käytännön kokemus sekvensointimenetelmistä, DNA:n ja RNA:n eristämisestä, PCR:stä, qRT-PCR:stä, mikrobien viljelystä ja fermentoinnista sekä kokeellisesta suunnittelusta, jossa genomiennusteet yhdistetään biologisiin fenotyyppeihin, katsotaan eduksi
- Kyky hallita useita projekteja samanaikaisesti
- Täydellinen ansioluettelo, joka sisältää kolmen suosittelijan yhteystiedot
- Yksityiskohtainen hakemuskirje, jossa kuvataan tehtävän kannalta relevantti kokemus
Edut
- Tarjolla on täydet henkilöstöedut
- Kattava etupaketti
- Kokoaikainen, verovapaa työsuhde
- Tehtävä voidaan uusia vuosittain suoriutumisen ja rahoituksen saatavuuden perusteella