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リモート・リサーチアソシエイト II――海洋計算ゲノミクス
計算生物学とバイオインフォマティクスの手法を用いて、海洋微生物およびサンゴ礁のゲノムデータセットを解析します。 ウッズホール海洋研究所の海洋保全研究を支援します。
仕事内容
- 微生物生態学・海洋保全研究室の海洋微生物シーケンスデータを解析する
- 研究データプロジェクト向けのバイオインフォマティクスパイプラインを構築・実行する
- シーケンスに基づく海洋微生物データセットを処理し、統計解析、統合、可視化を行う
- 研究が進んでいない生物や環境システムのためのバイオインフォマティクスおよびデータ解析プラットフォームを作成する。サンゴとサンゴ礁生態系に重点を置く
- 研究データの解析および管理業務を支援する
- プロジェクトと解析ツールを研究室既存の高性能コンピューティングクラスターに接続する
- 必要に応じて、学生や職員に関連する解析技術を指導する
- 複数の進行中プロジェクトを管理する
- エイミー・アプリル博士の研究室の指示の下で職務を遂行する
応募要件
- コンピューターサイエンス、バイオインフォマティクス、海洋学、微生物学、化学、環境科学、または関連分野の修士号、または学士号と数年の経験
- 関連する職務経験が望ましい
- バイオインフォマティクスの訓練または経験が望ましい
- 海洋微生物学の経験が望ましい
- サンゴ礁環境への関心が望ましい
- 比較ゲノミクス、系統ゲノミクス、遺伝子およびタンパク質ファミリー解析、ゲノムコンテキストと機能推論、遺伝子型から表現型への仮説構築、生合成遺伝子クラスター、代謝経路、ゲノムおよびメタゲノムのアセンブリとアノテーション、メタゲノミクス、メタトランスクリプトミクス、ロングリードシーケンシング、HMMベースの解析、タンパク質クラスタリング、大規模配列比較、16S rRNA遺伝子解析の経験
- Pythonと科学計算ライブラリ、R、Bash/Unix、SQL、NextflowまたはSnakemake、HPC環境、SLURMまたはSun Grid Engine、AWS、Git、スケーラブルな計算ワークフローに習熟していること
- MEGAHIT、Prodigal、HMMER/Pfam、CD-HIT、GATK、比較解析または系統解析ツールに精通していること
- シーケンシング手法、DNAおよびRNAの分離、PCR、qRT-PCR、微生物の培養と発酵、ゲノム予測と生物学的表現型を結び付ける実験計画の実務経験が望ましい
- 複数のプロジェクトを同時に管理できること
- 連絡先を含む完全な履歴書と、3名の推薦者の連絡先を提出すること
- 職務に関連する経験を詳しく記載したカバーレターを提出すること
福利厚生
- 充実した福利厚生を提供
- 包括的な福利厚生パッケージ
- フルタイム、エグゼンプト雇用
- 職務実績と資金の確保状況に基づき、毎年更新可能
