A Cape Cod Technology Council, Inc. Cape Cod területén működő szervezet, amely támogatja az innovációt és az együttműködést a technológiai szektorban. Az 1996-ban alapított tanács technológiai fókuszú erőforrásokkal, kezdeményezésekkel és kapcsolatépítési lehetőségekkel köti össze a helyi vállalkozásokat és szakembereket. Tevékenysége a tanácsadás, az egészségügy és az oktatás területére is kiterjed, és a technológia által vezérelt növekedéssel a regionális gazdaság megerősítésére összpontosít.
Távmunka keretében dolgozó II. kutatási munkatárs – tengeri számítási genomika
Számításbiológiai és bioinformatikai módszereket alkalmaz tengeri mikrobiális és korallzátony-genomikai adathalmazokra. Az óceánvédelemmel kapcsolatos kutatásokat támogatja a Woods Hole Oceanográfiai Intézetben.
Leírás
- Tengeri mikrobiális szekvenálási adatok elemzése a Mikrobiális Ökológia az Óceánvédelemért Laboratórium számára
- Bioinformatikai folyamatok létrehozása és futtatása kutatási adatprojektekhez
- Szekvenciaalapú tengeri mikrobiális adathalmazok feldolgozása, statisztikai elemzése, integrálása és megjelenítése
- Bioinformatikai és adatelemzési platformok létrehozása kevéssé vizsgált élőlényekhez és környezeti rendszerekhez, különös tekintettel a korallokra és a korallzátony-ökoszisztémákra
- A kutatási adatok elemzésének és kezelésének támogatása
- Projektek és elemzési eszközök összekapcsolása a laboratórium meglévő nagy teljesítményű számítási fürtjével
- A szükséges elemzési technikák oktatása hallgatók és munkatársak számára
- Több párhuzamos projekt munkájának kezelése
- Feladatok ellátása Dr. Amy Apprill laboratóriumának irányítása alatt
Követelmények
- Számítástechnikai, bioinformatikai, oceanográfiai, mikrobiológiai, kémiai, környezettudományi vagy kapcsolódó területen szerzett mesterfokozat, illetve többéves tapasztalattal rendelkező alapképzésben szerzett diploma
- A releváns szakmai tapasztalat előnyt jelent
- A bioinformatikai képzettség vagy tapasztalat előnyt jelent
- A tengeri mikrobiológiában szerzett tapasztalat előnyt jelent
- A korallzátony-környezetek iránti érdeklődés előnyt jelent
- Tapasztalat összehasonlító genomikában, filogenomikában, gén- és fehérjecsaládok elemzésében, genomi kontextus és funkcionális következtetés levonásában, genotípus–fenotípus hipotézisek kidolgozásában, bioszintetikus génklaszterekben, anyagcsereutakban, genom- és metagenom-összeállításban és annotációban, metagenomikában, metatranszkriptomikában, hosszú olvasatos szekvenálásban, HMM-alapú elemzésekben, fehérjeklaszterezésben, nagyléptékű szekvencia-összehasonlításban és 16S rRNS-gén-elemzésben
- Jártasság Pythonban és tudományos könyvtáraiban, R-ben, Bash/Unixban, SQL-ben, Nextflow-ban vagy Snakemake-ben, HPC-környezetekben, SLURM-ban vagy Sun Grid Engine-ben, AWS-ben, Gitben és skálázható számítási munkafolyamatokban
- A MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK, valamint az összehasonlító és filogenetikai elemzési eszközök ismerete
- Előnyt jelent a szekvenálási módszerekben, DNS- és RNS-izolálásban, PCR-ben, qRT-PCR-ben, mikrobiális tenyésztésben és fermentációban, valamint a genomi előrejelzéseket biológiai fenotípusokkal összekapcsoló kísérleti tervezésben szerzett gyakorlati tapasztalat
- Több projekt egyidejű kezelésének képessége
- Teljes önéletrajz benyújtása három referenciát adó személy elérhetőségeivel
- A munkakör szempontjából releváns tapasztalatot bemutató részletes motivációs levél benyújtása
Juttatások
- Teljes körű juttatásokat biztosítunk
- Átfogó juttatási csomag
- Teljes munkaidős, nem túlóradíjas munkaviszony
- A munkakör évente megújítható a teljesítménytől és a finanszírozás rendelkezésre állásától függően