Cape Cod Technology Council, Inc. — организация на Кейп-Коде, поддерживающая инновации и сотрудничество в технологическом секторе. Основанный в 1996 году совет объединяет местные компании и специалистов с ресурсами, инициативами и возможностями для профессионального общения, связанными с технологиями. Его деятельность охватывает консалтинг, здравоохранение и образование и направлена на укрепление региональной экономики посредством роста, основанного на технологиях.
Научный сотрудник II по морской вычислительной геномике — удалённая работа
Применяйте методы вычислительной биологии и биоинформатики к геномным данным морских микроорганизмов и коралловых рифов. Поддерживайте исследования в области охраны океана в Океанографическом институте Вудс-Хоул.
Описание
- Анализировать данные секвенирования морских микроорганизмов для лаборатории микробной экологии и охраны океана
- Разрабатывать и выполнять биоинформатические конвейеры для исследовательских проектов с данными
- Обрабатывать, статистически анализировать, интегрировать и визуализировать основанные на секвенировании наборы данных о морских микроорганизмах
- Создавать биоинформатические платформы и платформы анализа данных для малоизученных организмов и экологических систем, уделяя особое внимание кораллам и экосистемам коралловых рифов
- Поддерживать анализ исследовательских данных и деятельность по управлению ими
- Подключать проекты и аналитические инструменты к существующему высокопроизводительному вычислительному кластеру лаборатории
- При необходимости обучать студентов и сотрудников соответствующим методам анализа
- Управлять работой по нескольким параллельным проектам
- Выполнять обязанности под руководством лаборатории доктора Эми Эпприлл
Требования
- Степень магистра в области компьютерных наук, биоинформатики, океанографии, микробиологии, химии, наук об окружающей среде или смежной дисциплине либо степень бакалавра с несколькими годами опыта
- Желателен соответствующий профессиональный опыт
- Желательны знания или опыт в области биоинформатики
- Желателен опыт работы в морской микробиологии
- Желателен интерес к экосистемам коралловых рифов
- Опыт работы со сравнительной геномикой, филогеномикой, анализом генов и белковых семейств, анализом геномного контекста и функциональным выводом, разработкой гипотез о связи генотипа с фенотипом, биосинтетическими кластерами генов, метаболическими путями, сборкой и аннотацией геномов и метагеномов, метагеномикой, метатранскриптомикой, секвенированием длинных прочтений, анализом на основе HMM, кластеризацией белков, крупномасштабным сравнением последовательностей и анализом генов 16S рРНК
- Уверенное владение Python и научными библиотеками, R, Bash/Unix, SQL, Nextflow или Snakemake, средами HPC, SLURM или Sun Grid Engine, AWS, Git и масштабируемыми вычислительными рабочими процессами
- Знакомство с MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK и инструментами сравнительного или филогенетического анализа
- Желателен практический опыт работы с методами секвенирования, выделением ДНК и РНК, ПЦР, кПЦР с обратной транскрипцией, культивированием и ферментацией микроорганизмов, а также экспериментальным дизайном, связывающим геномные прогнозы с биологическими фенотипами
- Способность одновременно вести несколько проектов
- Предоставить полное резюме с контактными данными трёх рекомендателей
- Предоставить подробное сопроводительное письмо с описанием опыта, соответствующего должности
Преимущества
- Предоставляется полный пакет льгот
- Комплексный пакет льгот
- Полная занятость, должность категории exempt
- Должность ежегодно продлевается в зависимости от результатов работы и доступности финансирования