Cape Cod Technology Council, Inc. organizacija je sa sjedištem na Cape Codu koja podržava inovacije i suradnju u tehnološkom sektoru. Vijeće je osnovano 1996. godine te povezuje lokalne tvrtke i stručnjake s resursima, inicijativama i prilikama za umrežavanje usmjerenima na tehnologiju. Njegov rad obuhvaća savjetovanje, zdravstvo i obrazovanje, s naglaskom na jačanje regionalnog gospodarstva kroz rast potaknut tehnologijom.
Istraživački suradnik II – morska računalna genomika
Primjenjujte metode računalne biologije i bioinformatike na genomske skupove podataka morskih mikroorganizama i koraljnih grebena. Podržite istraživanje očuvanja oceana u Oceanografskom institutu Woods Hole.
Opis
- Analizirajte podatke sekvenciranja morskih mikroorganizama za Laboratorij mikrobne ekologije za očuvanje oceana
- Izrađujte i izvršavajte bioinformatičke cjevovode za istraživačke projekte s podacima
- Obrađujte, statistički analizirajte, integrirajte i vizualizirajte skupove podataka o morskim mikroorganizmima dobivene sekvenciranjem
- Izrađujte bioinformatičke platforme i platforme za analizu podataka za nedovoljno istražene organizme i okolišne sustave, s naglaskom na koralje i ekosustave koraljnih grebena
- Podržavajte aktivnosti analize i upravljanja istraživačkim podacima
- Povezujte projekte i analitičke alate s postojećim laboratorijskim klasterom za visokoučinkovito računalstvo
- Prema potrebi podučavajte studente i zaposlenike relevantnim analitičkim tehnikama
- Upravljajte radom na više istodobnih projekata
- Obavljajte dužnosti pod vodstvom laboratorija dr. Amy Apprill
Zahtjevi
- Magisterij iz računalnih znanosti, bioinformatike, oceanografije, mikrobiologije, kemije, znanosti o okolišu ili srodnog područja, ili prvostupnik uz nekoliko godina iskustva
- Relevantno profesionalno iskustvo je prednost
- Obuka ili iskustvo u bioinformatici je prednost
- Iskustvo u morskoj mikrobiologiji je prednost
- Interes za okoliše koraljnih grebena je prednost
- Iskustvo u komparativnoj genomici, filogenomici, analizi gena i proteinskih obitelji, zaključivanju genomskog konteksta i funkcije, razvoju hipoteza koje povezuju genotip s fenotipom, biosintetskim genskim klasterima, metaboličkim putovima, sastavljanju i anotaciji genoma i metagenoma, metagenomici, metatranskriptomici, sekvenciranju dugih očitanja, analizama temeljenima na HMM-u, klasteriranju proteina, usporedbi velikih skupova sekvenci i analizi gena 16S rRNA
- Napredno znanje Pythona i znanstvenih biblioteka, R-a, Basha/Unixa, SQL-a, Nextflowa ili Snakemakea, HPC okruženja, SLURM-a ili Sun Grid Enginea, AWS-a, Gita i skalabilnih računalnih tijekova rada
- Poznavanje alata MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK te alata za komparativnu ili filogenetsku analizu
- Poželjno je praktično iskustvo sa sekvencijskim metodama, izolacijom DNA i RNA, PCR-om, qRT-PCR-om, uzgojem i fermentacijom mikroorganizama te eksperimentalnim dizajnom koji povezuje genomske predikcije s biološkim fenotipovima
- Sposobnost istodobnog upravljanja s više projekata
- Pošaljite potpuni životopis s kontaktnim podacima za tri osobe za preporuku
- Pošaljite detaljno motivacijsko pismo s opisom iskustva relevantnog za radno mjesto
Pogodnosti
- Osigurane su sve pogodnosti
- Sveobuhvatan paket pogodnosti
- Puno radno vrijeme, radno mjesto izuzeto od obračuna prekovremenog rada
- Radno mjesto obnavlja se godišnje na temelju učinka i dostupnosti financiranja