Cape Cod Technology Council, Inc. — організація на Кейп-Коді, що підтримує інновації та співпрацю в технологічному секторі. Заснована у 1996 році рада об’єднує місцеві компанії та фахівців із технологічними ресурсами, ініціативами й можливостями для професійного спілкування. Її діяльність охоплює консалтинг, охорону здоров’я та освіту й зосереджена на зміцненні регіональної економіки завдяки технологічному розвитку.
Науковий співробітник II з морської обчислювальної геноміки — віддалена робота
Застосовуйте методи обчислювальної біології та біоінформатики до геномних даних морських мікроорганізмів і коралових рифів. Підтримуйте дослідження зі збереження океану в Океанографічному інституті Вудс-Гол.
Опис
- Аналізувати дані секвенування морських мікроорганізмів для лабораторії мікробної екології та збереження океану
- Розробляти й виконувати біоінформатичні конвеєри для дослідницьких проєктів із даними
- Обробляти, статистично аналізувати, інтегрувати та візуалізувати набори даних про морські мікроорганізми на основі секвенування
- Створювати біоінформатичні платформи та платформи аналізу даних для малодосліджених організмів і природоохоронних систем, зосереджуючись на коралах та екосистемах коралових рифів
- Підтримувати аналіз дослідницьких даних і діяльність з управління ними
- Підключати проєкти й аналітичні інструменти до наявного високопродуктивного обчислювального кластера лабораторії
- За потреби навчати студентів і працівників відповідних методів аналізу
- Керувати роботою над кількома паралельними проєктами
- Виконувати обов’язки під керівництвом лабораторії докторки Емі Епприлл
Вимоги
- Ступінь магістра в галузі комп’ютерних наук, біоінформатики, океанографії, мікробіології, хімії, наук про довкілля або суміжній дисципліні або ступінь бакалавра з кількома роками досвіду
- Бажаний відповідний професійний досвід
- Бажані підготовка або досвід у біоінформатиці
- Бажаний досвід у морській мікробіології
- Бажаний інтерес до середовищ коралових рифів
- Досвід роботи з порівняльною геномікою, філогеномікою, аналізом генів і білкових родин, аналізом геномного контексту та функціональним висновуванням, розробленням гіпотез про зв’язок генотипу з фенотипом, біосинтетичними кластерами генів, метаболічними шляхами, складанням і анотацією геномів та метагеномів, метагеномікою, метатранскриптомікою, секвенуванням довгих прочитів, HMM-аналізом, кластеризацією білків, широкомасштабним порівнянням послідовностей і аналізом генів 16S рРНК
- Володіння Python і науковими бібліотеками, R, Bash/Unix, SQL, Nextflow або Snakemake, середовищами HPC, SLURM або Sun Grid Engine, AWS, Git і масштабованими обчислювальними робочими процесами
- Знання MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK та інструментів порівняльного або філогенетичного аналізу
- Бажаний практичний досвід роботи з методами секвенування, виділенням ДНК і РНК, ПЛР, кПЛР зі зворотною транскрипцією, культивуванням і ферментацією мікроорганізмів, а також експериментальним дизайном, що пов’язує геномні прогнози з біологічними фенотипами
- Здатність одночасно вести кілька проєктів
- Подати повне резюме з контактними даними трьох рекомендодавців
- Подати детальний супровідний лист з описом досвіду, релевантного посаді
Переваги
- Надається повний пакет пільг
- Комплексний пакет пільг
- Повна зайнятість, посада категорії exempt
- Посада щороку продовжується залежно від результатів роботи та доступності фінансування