Cape Cod Technology Council, Inc. este o organizație cu sediul în Cape Cod, care sprijină inovarea și colaborarea în sectorul tehnologic. Înființat în 1996, consiliul conectează companiile și profesioniștii locali cu resurse, inițiative și oportunități de networking axate pe tehnologie. Activitatea sa acoperă domeniile consultanței, asistenței medicale și educației, punând accent pe consolidarea economiei regionale prin creștere bazată pe tehnologie.
Cercetător asociat II – Genomică computațională marină la distanță
Aplicarea metodelor de biologie computațională și bioinformatică la seturi de date genomice provenite de la microorganisme marine și recife de corali. Sprijinirea cercetării pentru conservarea oceanelor la Woods Hole Oceanographic Institution.
Descriere
- Analizarea datelor de secvențiere a microorganismelor marine pentru Laboratorul de ecologie microbiană pentru conservarea oceanelor
- Construirea și executarea fluxurilor bioinformatice pentru proiecte de date de cercetare
- Procesarea, analiza statistică, integrarea și vizualizarea seturilor de date microbiene marine bazate pe secvențe
- Crearea de platforme de bioinformatică și analiză a datelor pentru organisme și sisteme de mediu insuficient studiate, cu accent pe corali și ecosistemele recifelor de corali
- Sprijinirea activităților de analiză și gestionare a datelor de cercetare
- Conectarea proiectelor și instrumentelor analitice la clusterul de calcul de înaltă performanță existent al laboratorului
- Predarea tehnicilor relevante de analiză studenților și personalului, atunci când este necesar
- Gestionarea activității pentru mai multe proiecte desfășurate simultan
- Îndeplinirea sarcinilor sub îndrumarea laboratorului coordonat de Dr. Amy Apprill
Cerințe
- Diplomă de master în informatică, bioinformatică, oceanografie, microbiologie, chimie, știința mediului sau un domeniu înrudit, sau diplomă de licență cu câțiva ani de experiență
- Experiența profesională relevantă este preferată
- Formarea sau experiența în bioinformatică este preferată
- Experiența în microbiologie marină este preferată
- Este preferat interesul pentru mediile recifelor de corali
- Experiență în genomică comparativă, filogenomică, analiza genelor și familiilor de proteine, inferența contextului genomic și funcțional, dezvoltarea ipotezelor de la genotip la fenotip, clustere de gene biosintetice, căi metabolice, asamblarea și adnotarea genomurilor și metagenomurilor, metagenomică, metatranscriptomică, secvențiere cu citiri lungi, analize bazate pe HMM, gruparea proteinelor, compararea secvențelor la scară largă și analiza genei 16S rRNA
- Competență în Python și biblioteci științifice, R, Bash/Unix, SQL, Nextflow sau Snakemake, medii HPC, SLURM sau Sun Grid Engine, AWS, Git și fluxuri de lucru computaționale scalabile
- Familiaritate cu MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK și instrumente de analiză comparativă sau filogenetică
- Experiența practică în metode de secvențiere, izolarea ADN și ARN, PCR, qRT-PCR, cultivarea microbiană și fermentația, precum și în proiectarea experimentelor care leagă predicțiile genomice de fenotipurile biologice este preferată
- Capacitatea de a gestiona simultan mai multe proiecte
- Depunerea unui curriculum vitae complet, cu datele de contact pentru trei persoane de referință
- Depunerea unei scrisori de intenție detaliate care descrie experiența relevantă pentru post
Beneficii
- Sunt oferite toate beneficiile
- Pachet cuprinzător de beneficii
- Post cu normă întreagă, exceptat de la plata orelor suplimentare
- Postul poate fi reînnoit anual, în funcție de performanță și de disponibilitatea finanțării