Cape Cod Technology Council, Inc. je organizacija s sedežem na Cape Codu, ki podpira inovacije in sodelovanje v tehnološkem sektorju. Svet je bil ustanovljen leta 1996 ter povezuje lokalna podjetja in strokovnjake z viri, pobudami in priložnostmi za mreženje, povezanimi s tehnologijo. Njegovo delo zajema svetovanje, zdravstvo in izobraževanje, pri čemer je osredotočeno na krepitev regionalnega gospodarstva z rastjo, ki jo poganja tehnologija.
Raziskovalni sodelavec II na daljavo – morska računalniška genomika
Uporabljajte metode računalniške biologije in bioinformatike na genomskih zbirkah podatkov morskih mikroorganizmov in koralnih grebenov. Podpirajte raziskave ohranjanja oceanov v oceanografskem inštitutu Woods Hole.
Opis
- Analizirajte podatke sekvenciranja morskih mikroorganizmov za Laboratorij mikrobne ekologije za ohranjanje oceanov
- Izdelujte in izvajajte bioinformatske cevovode za raziskovalne podatkovne projekte
- Obdelujte, statistično analizirajte, povezujte in vizualizirajte sekvenčne podatkovne zbirke o morskih mikroorganizmih
- Izdelujte bioinformatske platforme in platforme za analizo podatkov za premalo raziskane organizme in okoljske sisteme s poudarkom na koralah in ekosistemih koralnih grebenov
- Podpirajte dejavnosti analize in upravljanja raziskovalnih podatkov
- Povezujte projekte in analitična orodja z obstoječim visokozmogljivim računalniškim gruščem laboratorija
- Po potrebi poučujte študente in osebje ustrezne analitične tehnike
- Upravljajte delo na več sočasnih projektih
- Naloge opravljajte pod vodstvom laboratorija dr. Amy Apprill
Zahteve
- Magisterij iz računalništva, bioinformatike, oceanografije, mikrobiologije, kemije, okoljskih ved ali sorodne discipline oziroma diploma prve stopnje z večletnimi izkušnjami
- Ustrezne poklicne izkušnje so prednost
- Usposabljanje ali izkušnje na področju bioinformatike so prednost
- Izkušnje z morsko mikrobiologijo so prednost
- Zanimanje za okolja koralnih grebenov je prednost
- Izkušnje s primerjalno genomiko, filogenomiko, analizo genov in beljakovinskih družin, sklepanjem o genomskem kontekstu in funkciji, razvojem hipotez o povezavi genotipa s fenotipom, biosintetskimi genskimi grozdi, presnovnimi potmi, sestavljanjem in anotacijo genomov in metagenomov, metagenomiko, metatranskriptomiko, sekvenciranjem dolgih odčitkov, analizami na podlagi HMM, združevanjem beljakovin, primerjavo velikih količin zaporedij in analizo genov 16S rRNA
- Odlično znanje Pythona in znanstvenih knjižnic, R, Bash/Unix, SQL, Nextflowa ali Snakemakea, okolij HPC, SLURM-a ali Sun Grid Enginea, AWS, Gita in razširljivih računalniških delovnih tokov
- Poznavanje orodij MEGAHIT, Prodigal, HMMER/Pfam, CD-HIT, GATK ter orodij za primerjalno ali filogenetsko analizo
- Prednost so praktične izkušnje z metodami sekvenciranja, izolacijo DNK in RNK, PCR, qRT-PCR, gojenjem in fermentacijo mikroorganizmov ter eksperimentalnim načrtovanjem, ki povezuje genomske napovedi z biološkimi fenotipi
- Sposobnost sočasnega vodenja več projektov
- Predložite popoln življenjepis s kontaktnimi podatki za tri osebe za priporočilo
- Predložite podrobno spremno pismo z opisom izkušenj, pomembnih za delovno mesto
Ugodnosti
- Zagotovljene so vse ugodnosti
- Celovit paket ugodnosti
- Zaposlitev za polni delovni čas z izvzetjem iz nadomestila za nadurno delo
- Delovno mesto se vsako leto obnovi glede na uspešnost in razpoložljivost financiranja