SeqOne
SeqOne
SeqOne développe des logiciels de bioinformatique fondés sur l’intelligence artificielle pour les laboratoires moléculaires qui travaillent avec des données de séquençage de nouvelle génération. Sa plateforme tout-en-un prend en charge les analyses germinales et somatiques sur des panels, des exomes et des génomes à lecture courte ou longue, avec des flux de travail automatisés grâce à SeqOne Flow et une interprétation cliniquement validée par DiagAI. La technologie de l’entreprise est utilisée dans les tests en oncologie, pour les maladies héréditaires et les maladies infectieuses, en combinant la priorisation des variants, la mise en correspondance des phénotypes, la prédiction de la pathogénicité et des règles définies par des experts. SeqOne propose également des intégrations avec les LIMS et les systèmes informatiques, des services professionnels et d’interprétation clinique, des sources d’annotation premium ainsi qu’une assistance multilingue pour les déploiements en laboratoire. Son activité se situe à l’intersection des soins de santé, de la biotechnologie et de l’intelligence artificielle, avec un accent sur la sécurité, la conformité et l’adoption clinique.

Ingénieur·e Bioinformatique, Oncologie et Hématologie — SeqOne (Hybride, France)

Concevez des pipelines bioinformatiques reproductibles et des logiciels pour la plateforme de génomique clinique de SeqOne. Soutenez la recherche en oncologie et en hématologie grâce à des solutions fiables et évolutives.

Description

  • Développer des outils et des pipelines pour des jeux de données biologiques complexes
  • Maintenir et améliorer les applications existantes
  • Analyser et résoudre les problèmes signalés par les utilisateurs
  • Améliorer les performances et la fiabilité des applications
  • Fournir des résultats analytiques robustes et reproductibles
  • Travailler en étroite collaboration avec les équipes scientifiques
  • Soutenir les publications et présentations scientifiques
  • Faciliter les revues de code
  • Appliquer les normes de programmation et les pratiques de développement sécurisé
  • Évaluer les méthodes et technologies émergentes en vue de leur adoption lorsqu’elles sont pertinentes
  • Rédiger et maintenir la documentation technique
  • Former et accompagner les utilisateurs et les collègues
  • Collaborer avec les équipes de recherche et produit pour transformer les besoins scientifiques en logiciels fiables
  • Améliorer la qualité du code grâce aux revues, aux tests et aux pratiques de CI/CD
  • Contribuer à mettre en place des pratiques d’équipe qui rendent les analyses complexes courantes, reproductibles et évolutives

Exigences

  • Une expérience professionnelle en oncohématologie est requise
  • Diplôme de niveau master (Bac+5) en bioinformatique, informatique ou dans une discipline connexe
  • Au moins deux ans d’expérience dans le développement de logiciels bioinformatiques
  • Maîtrise avancée de Python, UNIX/Linux et Bash
  • Expérience pratique des outils de workflow tels que Snakemake et Nextflow
  • Bonne connaissance pratique de Git, notamment des branches, des pull requests et des revues de code
  • Expérience de Docker pour créer des environnements reproductibles
  • Excellentes aptitudes à la communication écrite et orale
  • Esprit de collaboration et goût du travail en équipe
  • Capacité à gérer ses responsabilités de manière autonome
  • Solides capacités d’analyse et de résolution de problèmes
  • Un doctorat ou une expérience de recherche équivalente constitue un atout
  • Une expérience des systèmes de CI/CD tels que GitLab CI ou GitHub Actions constitue un avantage
  • Connaissance des outils de gestion d’environnements tels que pyenv, Poetry ou les environnements virtuels
  • Une expérience des environnements HPC ou cloud, notamment SLURM, AWS, GCP ou Azure, constitue un atout majeur
  • Une expérience supplémentaire en programmation avec R, Perl, Groovy, Nim ou Rust est appréciée

Avantages

  • Possibilités de télétravail
  • Horaires de travail flexibles
  • Package d’avantages sociaux compétitif
  • Possibilités d’évolution de carrière en interne
  • Formation professionnelle continue
  • Soutien pour participer à des conférences scientifiques
  • Rémunération fixe
  • Rémunération variable
  • Assurance santé prise en charge intégralement
  • Modalités de travail flexibles en hybride, sur site ou entièrement à distance