SeqOne vyvíjí bioinformatický software využívající umělou inteligenci pro molekulární laboratoře, které pracují s daty ze sekvenování nové generace. Integrovaná platforma podporuje germinální a somatickou analýzu panelů, exomů i krátkých a dlouhých genomových čtení, automatizuje pracovní postupy prostřednictvím SeqOne Flow a nabízí klinicky validovanou interpretaci díky DiagAI. Technologie společnosti se používají v onkologii, při testování dědičných onemocnění a infekčních chorob a kombinují prioritizaci variant, porovnávání fenotypů, predikci patogenity a pravidla definovaná odborníky. SeqOne poskytuje také integrace se systémy LIMS a IT, profesionální a klinické interpretační služby, prémiové zdroje anotací a vícejazyčnou podporu laboratorních nasazení. Společnost působí na pomezí zdravotnictví, biotechnologií a umělé inteligence se zaměřením na bezpečnost, dodržování předpisů a klinické využití.
Bioinformatický inženýr pro onkologii a hematologii — SeqOne (hybridní práce, Francie)
Vyvíjejte reprodukovatelné bioinformatické pipeline a software pro klinickou genomickou platformu SeqOne. Podporujte výzkum v onkologii a hematologii pomocí spolehlivých a škálovatelných řešení.
Francie32 000 € – 48 000 € / rok
HybridněPlný úvazekJuniorStředně pokročilýPožadovaný Jazyk: angličtinaInženýrPopis
- Vyvíjet nástroje a pipeline pro komplexní biologické datové sady
- Udržovat a rozvíjet stávající aplikace
- Prověřovat a řešit problémy nahlášené uživateli
- Zlepšovat výkon a spolehlivost aplikací
- Dodávat robustní a reprodukovatelné analytické výsledky
- Úzce spolupracovat s vědeckými týmy
- Podporovat vědecké publikace a prezentace
- Usnadňovat revize kódu
- Uplatňovat standardy kódování a postupy bezpečného vývoje
- Posuzovat nové metody a technologie z hlediska vhodného přijetí
- Psát a udržovat technickou dokumentaci
- Školit a podporovat uživatele a kolegy
- Spolupracovat s výzkumnými a produktovými týmy na převodu vědeckých potřeb do spolehlivého softwaru
- Zvyšovat kvalitu kódu prostřednictvím revizí, testování a postupů CI/CD
- Pomáhat zavádět týmové postupy, díky nimž jsou komplexní analýzy rutinní, reprodukovatelné a škálovatelné
Požadavky
- Požaduje se odborná praxe v onkohematologii
- Magisterský titul (Bac+5) v oboru bioinformatiky, informatiky nebo příbuzném oboru
- Nejméně dva roky zkušeností s vývojem bioinformatického softwaru
- Pokročilá znalost Pythonu, UNIX/Linuxu a Bashe
- Praktické zkušenosti s nástroji pro řízení workflow, jako jsou Snakemake a Nextflow
- Pracovní znalost Gitu včetně větví, pull requestů a revizí kódu
- Zkušenost s používáním Dockeru pro vytváření reprodukovatelných prostředí
- Výborné písemné a ústní komunikační dovednosti
- Týmový přístup ke spolupráci
- Schopnost samostatně řídit své povinnosti
- Silné analytické schopnosti a schopnost řešit problémy
- PhD nebo rovnocenná výzkumná praxe jsou výhodou
- Zkušenost se systémy CI/CD, jako jsou GitLab CI nebo GitHub Actions, je výhodou
- Znalost nástrojů pro správu prostředí, jako jsou pyenv, Poetry nebo virtuální prostředí
- Zkušenost s HPC nebo cloudovými prostředími včetně SLURM, AWS, GCP nebo Azure je významnou výhodou
- Další zkušenosti s programováním v R, Perlu, Groovy, Nimu nebo Rustu jsou vítány
Benefity
- Možnost práce na dálku
- Flexibilní pracovní doba
- Konkurenceschopný balíček benefitů
- Možnosti interního kariérního rozvoje
- Průběžné odborné vzdělávání
- Podpora účasti na vědeckých konferencích
- Fixní mzda
- Bonusové odměny
- Zdravotní pojištění poskytované bezplatně
- Flexibilní hybridní, kancelářský nebo plně vzdálený způsob práce