SeqOne
SeqOne
SeqOne tworzy oprogramowanie bioinformatyczne oparte na sztucznej inteligencji dla laboratoriów molekularnych pracujących z danymi z sekwencjonowania nowej generacji. Zintegrowana platforma obsługuje analizę germinalną i somatyczną paneli, eksomów oraz genomów sekwencjonowanych metodami short-read i long-read, automatyzując procesy dzięki SeqOne Flow i zapewniając klinicznie zweryfikowaną interpretację za pośrednictwem DiagAI. Technologie firmy są wykorzystywane w onkologii oraz w diagnostyce chorób dziedzicznych i zakaźnych, łącząc priorytetyzację wariantów, dopasowanie fenotypów, przewidywanie patogenności oraz reguły definiowane przez ekspertów. SeqOne oferuje również integracje z systemami LIMS i IT, profesjonalne i kliniczne usługi interpretacyjne, wysokiej jakości źródła adnotacji oraz wielojęzyczne wsparcie wdrożeń laboratoryjnych. Firma działa na styku ochrony zdrowia, biotechnologii i sztucznej inteligencji, koncentrując się na bezpieczeństwie, zgodności z przepisami i wdrażaniu rozwiązań w praktyce klinicznej.

Inżynier bioinformatyki w onkologii i hematologii — SeqOne (praca hybrydowa, Francja)

Twórz powtarzalne potoki bioinformatyczne i oprogramowanie dla platformy genomiki klinicznej SeqOne. Wspieraj badania w onkologii i hematologii za pomocą niezawodnych, skalowalnych rozwiązań.

Opis

  • Tworzyć narzędzia i potoki dla złożonych zbiorów danych biologicznych
  • Utrzymywać i rozwijać istniejące aplikacje
  • Analizować i rozwiązywać problemy zgłaszane przez użytkowników
  • Poprawiać wydajność i niezawodność aplikacji
  • Dostarczać solidne, powtarzalne wyniki analiz
  • Ściśle współpracować z zespołami naukowymi
  • Wspierać publikacje naukowe i prezentacje
  • Ułatwiać przeglądy kodu
  • Stosować standardy kodowania i praktyki bezpiecznego wytwarzania oprogramowania
  • Oceniać nowe metody i technologie pod kątem ich zasadnego wdrożenia
  • Tworzyć i utrzymywać dokumentację techniczną
  • Szkolić i wspierać użytkowników oraz współpracowników
  • Współpracować z zespołami badawczymi i produktowymi, przekładając potrzeby naukowe na niezawodne oprogramowanie
  • Podnosić jakość kodu dzięki przeglądom, testom i praktykom CI/CD
  • Pomagać w tworzeniu praktyk zespołowych, które sprawiają, że złożone analizy stają się rutynowe, powtarzalne i skalowalne

Wymagania

  • Wymagane jest doświadczenie zawodowe w onkohematologii
  • Tytuł magistra (Bac+5) w dziedzinie bioinformatyki, informatyki lub pokrewnej dyscyplinie
  • Co najmniej dwa lata doświadczenia w tworzeniu oprogramowania bioinformatycznego
  • Zaawansowana znajomość Pythona, UNIX/Linux i Bash
  • Praktyczne doświadczenie z narzędziami do zarządzania przepływami pracy, takimi jak Snakemake i Nextflow
  • Znajomość Git, w tym pracy z gałęziami, pull requestami i przeglądami kodu
  • Doświadczenie w korzystaniu z Dockera do tworzenia powtarzalnych środowisk
  • Bardzo dobre umiejętności komunikacji pisemnej i ustnej
  • Umiejętność współpracy zespołowej
  • Umiejętność samodzielnego zarządzania obowiązkami
  • Silne umiejętności analityczne i rozwiązywania problemów
  • Doktorat lub równoważne doświadczenie badawcze będą dodatkowym atutem
  • Doświadczenie z systemami CI/CD, takimi jak GitLab CI lub GitHub Actions, będzie dodatkowym atutem
  • Znajomość narzędzi do zarządzania środowiskami, takich jak pyenv, Poetry lub środowiska wirtualne
  • Doświadczenie z HPC lub środowiskami chmurowymi, w tym SLURM, AWS, GCP lub Azure, będzie dużym atutem
  • Dodatkowe doświadczenie programistyczne w R, Perlu, Groovy, Nim lub Rust jest mile widziane

Benefity

  • Możliwość pracy zdalnej
  • Elastyczne godziny pracy
  • Konkurencyjny pakiet świadczeń
  • Możliwości rozwoju kariery wewnątrz firmy
  • Stałe szkolenia zawodowe
  • Wsparcie w uczestnictwie w konferencjach naukowych
  • Stałe wynagrodzenie
  • Premie
  • Ubezpieczenie zdrowotne bezpłatne dla pracownika
  • Elastyczny hybrydowy, stacjonarny lub w pełni zdalny model pracy