SeqOne vyvíja bioinformatický softvér s podporou umelej inteligencie pre molekulárne laboratóriá pracujúce s údajmi zo sekvenovania novej generácie. Jeho integrovaná platforma podporuje germinálnu a somatickú analýzu panelov, exómov a genómov so sekvenovaním krátkych alebo dlhých čítaní, pričom poskytuje automatizované pracovné postupy prostredníctvom SeqOne Flow a klinicky validovanú interpretáciu cez DiagAI. Technológia spoločnosti sa využíva pri testovaní v onkológii, pri dedičných ochoreniach a infekčných chorobách a spája prioritizáciu variantov, porovnávanie fenotypov, predikciu patogenity a pravidlá definované odborníkmi. SeqOne poskytuje aj integrácie LIMS a IT systémov, profesionálne a klinické interpretačné služby, prémiové zdroje anotácií a viacjazyčnú podporu pri zavádzaní riešení v laboratóriách. Jej činnosť sa nachádza na rozhraní zdravotníctva, biotechnológií a umelej inteligencie so zameraním na bezpečnosť, súlad s predpismi a klinické využitie.
Bioinformatický inžinier, onkológia a hematológia — SeqOne (hybridne, Francúzsko)
Vyvíjajte reprodukovateľné bioinformatické pipeline a softvér pre klinickú genomickú platformu SeqOne. Podporujte výskum v onkológii a hematológii spoľahlivými a škálovateľnými riešeniami.
Francúzsko32 000 € – 48 000 € / rok
HybridnePlný úväzokJuniorStredná úroveňPožadovaný Jazyk: angličtinaInžinierPopis
- Vyvíjať nástroje a pipeline pre komplexné biologické súbory údajov
- Udržiavať a vylepšovať existujúce aplikácie
- Skúmať a riešiť problémy nahlásené používateľmi
- Zlepšovať výkon a spoľahlivosť aplikácií
- Dodávať robustné a reprodukovateľné analytické výsledky
- Úzko spolupracovať s vedeckými tímami
- Podporovať vedecké publikácie a prezentácie
- Uľahčovať revízie kódu
- Uplatňovať štandardy kódovania a postupy bezpečného vývoja
- Hodnotiť nové metódy a technológie na relevantné prijatie
- Písať a udržiavať technickú dokumentáciu
- Školiť a podporovať používateľov a kolegov
- Spolupracovať s výskumnými a produktovými tímami na premene vedeckých potrieb na spoľahlivý softvér
- Zvyšovať kvalitu kódu prostredníctvom revízií, testovania a postupov CI/CD
- Pomáhať zavádzať tímové postupy, vďaka ktorým budú komplexné analýzy rutinné, reprodukovateľné a škálovateľné
Požiadavky
- Vyžaduje sa odborná prax v onkohematológii
- Vysokoškolské vzdelanie druhého stupňa (Bac+5) v bioinformatike, informatike alebo príbuznom odbore
- Najmenej dva roky skúseností s vývojom bioinformatického softvéru
- Pokročilé znalosti Pythonu, UNIX/Linuxu a Bashu
- Praktické skúsenosti s nástrojmi na riadenie workflow, ako sú Snakemake a Nextflow
- Pracovná znalosť Gitu vrátane vetvenia, pull requestov a revízií kódu
- Skúsenosti s používaním Dockeru na vytváranie reprodukovateľných prostredí
- Vynikajúce písomné a ústne komunikačné schopnosti
- Kolaboratívny prístup k tímovej práci
- Schopnosť samostatne riadiť zodpovednosti
- Vynikajúce analytické schopnosti a schopnosti riešiť problémy
- PhD alebo ekvivalentná výskumná prax sú výhodou
- Skúsenosti so systémami CI/CD, ako sú GitLab CI alebo GitHub Actions, sú výhodou
- Znalosť nástrojov na správu prostredí, ako sú pyenv, Poetry alebo virtuálne prostredia
- Skúsenosti s HPC alebo cloudovými prostrediami vrátane SLURM, AWS, GCP alebo Azure sú významnou výhodou
- Ďalšie programátorské skúsenosti v R, Perle, Groovy, Nime alebo Ruste sú vítané
Benefity
- Možnosti práce na diaľku
- Flexibilný pracovný čas
- Konkurenčný balík benefitov
- Interné príležitosti na kariérny rozvoj
- Priebežné odborné vzdelávanie
- Podpora účasti na vedeckých konferenciách
- Fixný plat
- Bonusová odmena
- Zdravotné poistenie poskytované bezplatne
- Flexibilné hybridné, kancelárske alebo plne vzdialené pracovné usporiadanie