SeqOne
SeqOne
SeqOne entwickelt KI-gestützte Bioinformatiksoftware für molekulare Labore, die mit Daten aus der Hochdurchsatzsequenzierung arbeiten. Die All-in-One-Plattform unterstützt die Keimbahn- und somatische Analyse von Panels, Exomen sowie Kurz- und Langread-Genomen. Mit SeqOne Flow ermöglicht sie automatisierte Workflows, während DiagAI eine klinisch validierte Interpretation bietet. Die Technologie des Unternehmens kommt bei der Diagnostik von Krebserkrankungen, Erbkrankheiten und Infektionskrankheiten zum Einsatz. Sie verbindet die Priorisierung von Varianten, den Abgleich mit Phänotypen, die Vorhersage der Pathogenität und von Experten definierte Regeln. Darüber hinaus bietet SeqOne LIMS- und IT-Integrationen, professionelle und klinische Interpretationsdienstleistungen, hochwertige Quellen für Annotationen sowie mehrsprachige Unterstützung für den Einsatz in Laboren. Das Unternehmen arbeitet an der Schnittstelle von Gesundheitswesen, Biotechnologie und künstlicher Intelligenz und legt dabei besonderen Wert auf Sicherheit, Compliance und die klinische Anwendung.

Bioinformatik-Ingenieur/in für Onkologie und Hämatologie — SeqOne (Hybrid, Frankreich)

Entwickeln Sie reproduzierbare bioinformatische Pipelines und Software für SeqOnes Plattform für klinische Genomik. Unterstützen Sie die Forschung in Onkologie und Hämatologie mit zuverlässigen, skalierbaren Lösungen.

Beschreibung

  • Entwickeln Sie Werkzeuge und Pipelines für komplexe biologische Datensätze
  • Warten und erweitern Sie bestehende Anwendungen
  • Untersuchen und beheben Sie von Nutzern gemeldete Probleme
  • Verbessern Sie die Leistung und Zuverlässigkeit von Anwendungen
  • Liefern Sie robuste, reproduzierbare Analyseergebnisse
  • Arbeiten Sie eng mit wissenschaftlichen Teams zusammen
  • Unterstützen Sie wissenschaftliche Publikationen und Präsentationen
  • Moderieren Sie Code-Reviews
  • Wenden Sie Codierungsstandards und sichere Entwicklungspraktiken an
  • Bewerten Sie neue Methoden und Technologien für eine sinnvolle Einführung
  • Erstellen und pflegen Sie technische Dokumentationen
  • Schulen und unterstützen Sie Nutzer und Kollegen
  • Arbeiten Sie mit Forschungs- und Produktteams zusammen, um wissenschaftliche Anforderungen in zuverlässige Software zu übertragen
  • Steigern Sie die Codequalität durch Reviews, Tests und CI/CD-Praktiken
  • Helfen Sie dabei, Teampraktiken zu etablieren, die komplexe Analysen routinemäßig, reproduzierbar und skalierbar machen

Anforderungen

  • Berufserfahrung in der Onkohämatologie ist erforderlich
  • Masterabschluss (Bac+5) in Bioinformatik, Informatik oder einer verwandten Fachrichtung
  • Mindestens zwei Jahre Erfahrung in der Entwicklung bioinformatischer Software
  • Fortgeschrittene Kenntnisse in Python, UNIX/Linux und Bash
  • Praktische Erfahrung mit Workflow-Tools wie Snakemake und Nextflow
  • Gute Kenntnisse in Git, einschließlich Branching, Pull Requests und Code-Reviews
  • Erfahrung mit Docker zum Aufbau reproduzierbarer Umgebungen
  • Sehr gute schriftliche und mündliche Kommunikationsfähigkeiten
  • Kooperative Arbeitsweise
  • Fähigkeit, Verantwortlichkeiten selbstständig zu organisieren
  • Ausgeprägte analytische Fähigkeiten und Problemlösungskompetenz
  • Eine Promotion oder gleichwertige Forschungserfahrung ist von Vorteil
  • Erfahrung mit CI/CD-Systemen wie GitLab CI oder GitHub Actions ist von Vorteil
  • Kenntnisse in Tools zur Umgebungsverwaltung wie pyenv, Poetry oder virtuellen Umgebungen
  • Erfahrung mit HPC- oder Cloud-Umgebungen, einschließlich SLURM, AWS, GCP oder Azure, ist ein großer Vorteil
  • Zusätzliche Programmiererfahrung in R, Perl, Groovy, Nim oder Rust ist willkommen

Zusatzleistungen

  • Möglichkeiten für mobiles Arbeiten
  • Flexible Arbeitszeiten
  • Attraktives Leistungspaket
  • Interne Möglichkeiten zur beruflichen Weiterentwicklung
  • Laufende berufliche Weiterbildung
  • Unterstützung bei der Teilnahme an wissenschaftlichen Konferenzen
  • Festgehalt
  • Bonusvergütung
  • Kostenlose Krankenversicherung
  • Flexible Arbeitsmodelle im Hybrid-, Vor-Ort- oder vollständig mobilen Arbeiten