SeqOne
SeqOne
SeqOne utvecklar AI-drivna bioinformatiklösningar för molekylära laboratorier som arbetar med data från nästa generations sekvensering. Den heltäckande plattformen stöder germinal och somatisk analys av paneler, exomer samt kort- eller långlästa genom, med automatiserade arbetsflöden genom SeqOne Flow och kliniskt validerad tolkning genom DiagAI. Företagets teknik används inom testning av onkologiska, ärftliga och infektiösa sjukdomar och kombinerar prioritering av varianter, fenotypmatchning, prediktion av patogenicitet och expertdefinierade regler. SeqOne erbjuder även LIMS- och IT-integrationer, professionella och kliniska analystjänster, premiumkällor för annotering samt flerspråkig support för laboratorieimplementationer. Verksamheten befinner sig i skärningspunkten mellan hälso- och sjukvård, bioteknik och artificiell intelligens, med fokus på säkerhet, regelefterlevnad och klinisk användning.

Bioinformatikingenjör, onkologi och hematologi — SeqOne (hybrid, Frankrike)

Bygg reproducerbara bioinformatikpipelines och programvara för SeqOnes kliniska genomikplattform. Stöd forskning inom onkologi och hematologi med tillförlitliga, skalbara lösningar.

Beskrivning

  • Utveckla verktyg och pipelines för komplexa biologiska datamängder
  • Underhåll och förbättra befintliga applikationer
  • Undersök och lös problem som rapporterats av användare
  • Förbättra applikationernas prestanda och tillförlitlighet
  • Leverera robusta och reproducerbara analytiska resultat
  • Arbeta nära vetenskapliga team
  • Stöd vetenskapliga publikationer och presentationer
  • Underlätta kodgranskningar
  • Tillämpa kodstandarder och säkra utvecklingsmetoder
  • Utvärdera nya metoder och tekniker för relevant användning
  • Skriv och underhåll teknisk dokumentation
  • Utbilda och stöd användare och kollegor
  • Arbeta med forsknings- och produktteam för att omvandla vetenskapliga behov till tillförlitlig programvara
  • Driv kodkvaliteten genom granskningar, testning och CI/CD-metoder
  • Bidra till att etablera arbetssätt som gör komplexa analyser rutinmässiga, reproducerbara och skalbara

Krav

  • Yrkeserfarenhet inom onkohematologi krävs
  • Masterexamen (Bac+5) i bioinformatik, datavetenskap eller ett relaterat ämnesområde
  • Minst två års erfarenhet av utveckling av bioinformatikprogramvara
  • Avancerade kunskaper i Python, UNIX/Linux och Bash
  • Praktisk erfarenhet av workflowverktyg som Snakemake och Nextflow
  • Goda kunskaper i Git, inklusive branching, pull requests och kodgranskningar
  • Erfarenhet av Docker för att bygga reproducerbara miljöer
  • Mycket god skriftlig och muntlig kommunikationsförmåga
  • Samarbetsinriktat förhållningssätt till teamarbete
  • Förmåga att självständigt hantera ansvarsområden
  • Stark analytisk förmåga och god problemlösningsförmåga
  • Doktorsexamen eller motsvarande forskningserfarenhet är meriterande
  • Erfarenhet av CI/CD-system som GitLab CI eller GitHub Actions är meriterande
  • Kunskap om verktyg för miljöhantering som pyenv, Poetry eller virtuella miljöer
  • Erfarenhet av HPC- eller molnmiljöer, inklusive SLURM, AWS, GCP eller Azure, är en stark merit
  • Ytterligare programmeringserfarenhet i R, Perl, Groovy, Nim eller Rust är välkommen

Förmåner

  • Möjlighet till distansarbete
  • Flexibla arbetstider
  • Konkurrenskraftigt förmånspaket
  • Interna möjligheter till karriärutveckling
  • Löpande kompetensutveckling
  • Stöd för deltagande i vetenskapliga konferenser
  • Fast lön
  • Bonusersättning
  • Kostnadsfri sjukförsäkring
  • Flexibla arbetsformer med hybridarbete, arbete på plats eller helt på distans