IMU Biosciences on Lontoossa toimiva bioteknologiayritys, joka kehittää korkean ulottuvuuden immunologian teknologioita kliiniseen tutkimukseen, diagnostiikkaan ja lääkekehitykseen. Sen moniomiikkaan ja suuren läpimenon teknologia-alusta analysoi yli 100 miljoonaa immuunidatapistettä 2 ml:n verinäytteestä ja erottaa reaaliajassa noin 2 500 immuunisolualatyyppiä. Tuloksena syntyvä väestötason immuunidatasetti tukee muun muassa hematopoieettisten kantasolujen siirtojen ennakoivaa seulontaa, kiinteiden elinten siirtojen hyljinnän arviointia sekä hoitovasteeseen ja haittatapahtumiin liittyvien immuuniprofiilien tunnistamista immuno-onkologiassa. IMU Biosciences tekee yhteistyötä kliinisten tutkimusryhmien, lääke- ja bioteknologiayritysten sekä diagnostiikkakumppaneiden kanssa muuntaakseen immuunifenotyypityksen käytännön kliinisiksi ja kaupallisiksi työkaluiksi.
Bioinformatiikan ohjelmistosuunnittelija – virtaussytometria
Kehitä ja ylläpidä säänneltyjä koneoppimisputkia IMU Biosciencesin virtaussytometriatyöhön. Tehtävä kattaa annotoinnin, mallien seurannan, toistettavuuden ja vaatimustenmukaisuuden täsmälääketieteen alustalla.
Kuvaus
- Suorita automatisoituja solujen annotointityönkulkuja suurilla sytometria-aineistoilla.
- Tuota solujen jäsenyystiedostoja, solualajoukkojen suhdelukutaulukoita ja automaattisia raportteja, jotka nostavat poikkeamat esiin laadunvalvontaa varten.
- Käytä lukittuja automatisoituja gating-kokonaisuuksia ristiinvalidointi- ja arviointiosioihin.
- Seuraa ja dokumentoi gating-altistuksen mittarit jokaisesta potilaasta.
- Määritä ja lukitse perustason mallit sekä numeerisen vakauden kriteerit virtaussytometrian piirteiden poimintaputkille.
- Ylläpidä virallista mallien elinkaarirekisteriä, mukaan lukien gating-kokonaisuuksien ja ehdokasennustemallien versiointi, jäädyttäminen ja lukitseminen.
- Sovita jatkoon valitut koneoppimismallit uudelleen suuremmilla kohorteilla ja jäädytä lopulliset mallit ennen sokkoutettuja kliinisiä arviointeja.
- Vie versionhallintaan versioitu koodi, lukitse Conda- ja Docker-ympäristömääritykset ja kirjaa satunnaissiemenet sekä mallien hyperparametrit.
- Toimi koko laskennallisen putken ensisijaisena koodintarkastajana.
- Ota käyttöön tietovuotojen estävät kontrollit, varmista tietojen eheys ja noudata modulaarisen ohjelmoinnin standardeja.
- Osallistu riippumattomiin menetelmäarviointeihin, jäljitettävyysauditointeihin ja sääntelyvaatimustenmukaisuuden tarkastuksiin.
- Työskentele koneoppimisinsinöörien, biostatistikkojen ja kliinisten tutkijoiden kanssa.
- Raportoi johtavalle datatieteilijälle.
Vaatimukset
- Ylempi korkeakoulututkinto tai tohtorintutkinto bioinformatiikasta, tilastotieteestä, laskennallisesta biologiasta, tietojenkäsittelytieteestä, biotekniikasta tai vastaavalta määrälliseltä alalta.
- Vähintään kolmen vuoden ammatillinen kokemus suuren läpimenon virtaussytometria-aineistoista säännellyssä, akateemisessa tai biotekniikan toimintaympäristössä.
- Pythonin sujuva hallinta sekä kokemus NumPystä, Pandasista, SciPystä, scikit-learnista ja PyTorchista.
- Näyttöä ohjelmistotekniikan käytännöistä, kuten Gitistä, CI/CD:stä, Nextflown kaltaisista työnkulunhallintatyökaluista, Docker-ympäristöjen lukitsemisesta ja koneoppimisartefaktien seurannasta.
- Virtaussytometrian piirteiden muodostamisen ja erävaikutusten harmonisoinnin tuntemus.
- Korkeaulotteisten virtaussytometriaan perustuvien ennustemallien ristiinvalidointiin liittyvien tietovuotoriskien tuntemus.
- Voimassa oleva oikeus työskennellä Isossa-Britanniassa.
Edut
- Kilpailukykyinen palkka ja yrityksen bonusjärjestelmä.
- Eläke-etuus.
- Sairausvakuutus.
- Henkivakuutus.
- Työkyvyttömyysturva.
- Nopeatempoinen ja yhteistyöhön kannustava startup-ympäristö.
- Mahdollisuuksia urakehitykseen ja etenemiseen.