IMU Biosciences je londýnská biotechnologická společnost, která vyvíjí technologie vysokodimenzionální imunologie pro klinický výzkum, diagnostiku a vývoj léčiv. Její multiomická vysokokapacitní platforma analyzuje více než 100 milionů imunologických datových bodů z 2ml vzorku krve a v reálném čase rozlišuje přibližně 2 500 podtypů imunitních buněk. Výsledný populační soubor imunologických dat podporuje například prediktivní screening před transplantací krvetvorných kmenových buněk, hodnocení rejekce při transplantaci solidních orgánů a identifikaci imunitních signatur spojených s odpovědí na léčbu a nežádoucími účinky v imunoonkologii. IMU Biosciences spolupracuje s týmy klinického výzkumu, farmaceutickými a biotechnologickými společnostmi i diagnostickými partnery a převádí imunitní fenotypizaci do praktických klinických a komerčních nástrojů.
Softwarový inženýr v bioinformatice — průtoková cytometrie
Vývoj a údržba regulovaných procesů strojového učení pro průtokovou cytometrii ve společnosti IMU Biosciences. Role zahrnuje anotaci, sledování modelů, reprodukovatelnost a soulad s požadavky platformy precizní medicíny.
Popis
- Spouštět automatizované procesy anotace buněk na rozsáhlých souborech dat z průtokové cytometrie.
- Vytvářet soubory s přiřazením buněk k populacím, tabulky poměrů buněčných podskupin a automatické zprávy označující odlehlé hodnoty pro kontrolu kvality.
- Používat uzamčené automatizované gatingové soubory modelů na datové části pro křížovou validaci a hodnocení.
- Sledovat a dokumentovat metriky expozice gateingu u každého pacienta.
- Stanovovat a uzamykat základní modely a kritéria numerické stability pro procesy extrakce příznaků z průtokové cytometrie.
- Vést formální registr životního cyklu modelů včetně verzování, zmrazení a uzamčení gatingových souborů modelů a kandidátních prediktivních modelů.
- Znovu natrénovat vybrané modely strojového učení na větších kohortách a zmrazit finální modely před zaslepeným klinickým hodnocením.
- Ukládat verzovaný kód, připínat specifikace prostředí Conda a Docker a zaznamenávat náhodná semena i hyperparametry modelů.
- Působit jako hlavní recenzent kódu v celém výpočetním procesu.
- Uplatňovat opatření proti úniku dat, ověřovat integritu dat a dodržovat standardy modulárního programování.
- Účastnit se nezávislých metodických přezkumů, auditů sledovatelnosti a kontrol souladu s předpisy.
- Spolupracovat s inženýry strojového učení, biostatistiky a klinickými vědci.
- Podléhat vedoucímu datovému vědci.
Požadavky
- Magisterský titul nebo Ph.D. v bioinformatice, statistice, výpočetní biologii, informatice, bioinženýrství nebo příbuzném kvantitativním oboru.
- Alespoň tři roky odborné praxe s vysokokapacitními daty z průtokové cytometrie v regulovaném, akademickém nebo biotechnologickém prostředí.
- Plynulá znalost Pythonu a zkušenosti s nástroji NumPy, Pandas, SciPy, scikit-learn a PyTorch.
- Prokazatelné používání postupů softwarového inženýrství, včetně Git, CI/CD, správců pracovních postupů, jako je Nextflow, připínání prostředí Docker a sledování artefaktů ML.
- Znalost tvorby příznaků z průtokové cytometrie a harmonizace dávkových efektů.
- Znalost rizik úniku dat při křížové validaci v prediktivním modelování vysokodimenzionálních dat z průtokové cytometrie.
- Platné oprávnění k práci ve Spojeném království.
Benefity
- Konkurenceschopný plat a firemní bonusový program.
- Penzijní zabezpečení.
- Zdravotní pojištění.
- Životní pojištění.
- Pojištění pro případ ztráty příjmu.
- Dynamické startupové prostředí založené na spolupráci.
- Možnosti profesního rozvoje a kariérního postupu.